clustalw: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

clustalw: alineación múltiple de secuencias de proteínas y ácidos nucleicos

SINOPSIS

racimo [-en archivo] archivo.ext [CAMPUS]

racimo [-ayuda | -completa ayuda]

DESCRIPCIÓN

Clustal W es un programa de alineación múltiple de propósito general para ADN o proteínas.

El programa realiza la alineación simultánea de muchas secuencias de nucleótidos o aminoácidos. Eso
normalmente se ejecuta de forma interactiva, proporcionando un menú y una ayuda en línea. Si prefiere usar
en modo de línea de comandos (por lotes), tendrá que dar varias opciones, siendo el mínimo
-en archivo.

CAMPUS

DATOS (secuencias)
-infile =archivo.ext
Secuencias de entrada.

-profile1 =archivo.ext y -profile2 =archivo.ext
Perfiles (alineación antigua)

VERBOS (del cosas)
-opciones
Enumere los parámetros de la línea de comandos.

-ayuda or -cheque
Describe los parámetros de la línea de comandos.

-completa ayuda
Genere contenido de ayuda completo.

-alinear
Realice una alineación múltiple completa.

-árbol
Calcule el árbol de NJ.

-pim
Matriz de identidad porcentual de salida (mientras se calcula el árbol).

-oreja=n
Arrancar un árbol de NJ (n= número de bootstraps; def. = 1000).

-convertir
Imprima las secuencias de entrada en un formato de archivo diferente.

PARÁMETROS (conjunto cosas)
General ajustes:
-interactivo
Lea la línea de comando, luego ingrese a los menús interactivos normales.

-árbol rápido
Utilice el algoritmo FAST para el árbol de guía de alineación.

-type =
PROTEÍNA or ADN secuencias

-negativo
Alineación de proteínas con valores negativos en matriz.

-outfile =
Nombre del archivo de alineación de secuencia.

-salida =
GCC, GDE, FELIPE, PIR or NEXUS.

-outputorder =
ENTRADA or ALINEADO

-caso
BAJAR or SUPERIOR (solo para salida GDE).

-seqnos =
OFF or ON (solo para salida Clustal).

-seqnos_range =
OFF or ON (NUEVO: para todos los formatos de salida).

-range =m,n
Rango de secuencia para escribir comenzando m a m+n.

-maxseqlen =n
Longitud máxima permitida de la secuencia de entrada.

-tranquilo
Reduzca la salida de la consola al mínimo.

-stats =presentar
Registre algunas estadísticas de alineaciones en presentar.

Rápido Por parejas Alineaciones:
-ktuple =n
Tamaño de la palabra.

-topdiags =n
Número de mejores diagnósticos.

-window =n
Ventana alrededor de los mejores diags.

-pairgap =n
Penalización por huecos.

-Puntuación
POR CIENTO or ABSOLUTA.

Lenta Por parejas Alineaciones:
-pwmatrix =
: Matriz de peso proteico =FLOR, PAM, GONETO, ID or nombre de archivo

-pwdnamatrix =
Matriz de peso de ADN =FLORUIB, FLORCLUSTALW o FLORnombre del archivo.

-pwgapopen =f
Penalización de apertura de hueco.

-pwgapext =f
Penalización por extensión de brecha.

Múltiple Alineaciones:
-newtree =
Solicite un nuevo árbol de guía.

-usetree =
Archivo para árbol guía antiguo.

-matriz =
Matriz de peso proteico =FLOR, PAM, GONETO, ID or nombre de archivo.

-dnamatrix =
Matriz de peso de ADN =IUB, CLUSTALW or nombre de archivo.

-gapopen =f
Penalización de apertura de hueco.

-gapext =f
Penalización por extensión de brecha.

-engaños
Sin bolígrafo de separación de espacios finales.

-gapdist =n
Pluma de separación de huecos. distancia.

-ningún espacio
Se eliminan las lagunas específicas de residuos.

-nohgap
Huecos hidrofílicos.

-hgapresidues =
Lista de res hidrofílicas.

-maxdiv =n
Porcentaje de identidad por demora.

-type =
PROTEÍNA or ADN

-transpeso =f
Ponderación de las transiciones.

-iteración =
NINGUNO or ÁRBOL or ALINEACIÓN.

-numiter =n
Número máximo de iteraciones a realizar.

Mi Perfil Alineaciones:
-perfil
Fusionar dos alineaciones por alineación de perfil.

-newtree1 =
Archivo para un nuevo árbol de guía para profile1.

-newtree2 =
Archivo para un nuevo árbol de guía para profile2.

-usetree1 =
Archivo para árbol de guía antiguo para profile1.

-usetree2 =
Archivo para árbol de guía antiguo para profile2.

Secuencia a Mi Perfil Alineaciones:
-secuencias
Agregue secuencialmente secuencias de profile2 a la alineación de profile1.

-newtree =
Solicite un nuevo árbol de guía.

-usetree =
Archivo para árbol guía antiguo.

Estructura Alineaciones:
-nosecstr1
No utilice una máscara de penalización de espacio de estructura secundaria para el perfil 1.

-nosecstr2
No utilice una máscara de penalización de espacio de estructura secundaria para el perfil 2.

-secstrout =ESTRUCTURA or MÁSCARA or ¡AMBAS or NINGUNO
Salida en archivo de alineación.

-helixgap =n
Penalización por espacio para los residuos del núcleo de la hélice.

-strandgap =n
Penalización por espacio para los residuos del núcleo de la hebra.

loopgap =n
Penalización por huecos para regiones de bucle.

-terminalgap =n
Penalización por brecha para termini de estructura.

-helixendin =n
Número de residuos dentro de la hélice que se tratarán como terminales.

-helixendout =n
Número de residuos fuera de la hélice que se tratarán como terminales.

-strandendin =n
Número de residuos dentro de la hebra que se tratarán como terminales.

-strandendout =n
Número de residuos fuera de la hebra que se tratarán como terminales.

Arboles:
-outputtree =nj OR felipe OR dist OR nexo

-seed =n
Número de semilla para bootstraps.

-kimura
Usa la corrección de Kimura.

-todos
Ignore posiciones con huecos.

-bootlabels =nodo
Posición de los valores de bootstrap en la visualización del árbol.

-agrupación =
NJ o UPGMA.

Use clustalw en línea usando los servicios de onworks.net