cmtk: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

cmtk: el kit de herramientas de morfometría computacional

SINOPSIS

cmtk [opciones]

DESCRIPCIÓN

Este script auxiliar proporciona un acceso unificado a todas las herramientas de línea de comandos proporcionadas por CMTK.
Especifique el comando de CMTK para ejecutar y sus opciones. Ver cmtk- (1) página de manual o
salida de cmtk --ayuda por opciones específicas

COMANDOS

un segmento
Registrar una imagen de destino en un atlas, usando afín seguido de B-spline no rígido
registro, luego vuelva a formatear el mapa de etiquetas del atlas a la imagen de destino.

segmento_sri24
Registre una imagen de destino en un canal seleccionado del atlas del cerebro humano SRI24, luego
formatee uno de los mapas de etiquetas del atlas en la imagen de destino. Nota: se supone que el
La imagen de destino está despojada del cráneo, es decir, contiene solo el cerebro.

promedio_afín
Esta herramienta calcula el promedio de una secuencia de coordenadas afines proporcionadas por el usuario
transformaciones.

imágenes_promedio
Esta herramienta calcula el promedio, la varianza, la desviación estándar, la puntuación z o la
imágenes de entropía de una lista de imágenes de intensidad proporcionadas por el usuario.

etiquetas_promedio
Promedio de imágenes de etiquetas registradas conjuntamente utilizando volúmenes parciales

avg_adm
Calcule imágenes de intensidad media de forma media y mapas de deformación utilizando un
modelo de deformación.

concat_affine
Esta herramienta calcula la concatenación explícita de múltiples coordenadas afines
transformaciones, cada una de las cuales se puede invertir opcionalmente.

convert_warp
Esta herramienta convierte coordenadas de deformación de formato libre B-spline no rígidas
transformaciones entre diferentes representaciones (p. ej., absoluta frente a relativa
vectores). También crea transformaciones fraccionarias.

convertirx
Esta herramienta convierte entre formatos de archivo de imagen y tipos de datos de píxeles. También puede aplicar
operaciones de imagen simples y de propósito general en el proceso. Un número arbitrario de
Las operaciones se pueden especificar en la línea de comando, que se aplicará exactamente en el
orden dada.

herramienta de base de datos
Esta herramienta modifica y consulta la base de datos de imágenes y transformaciones entre
de ellas.

dcm2imagen
Combine conjuntos de cortes DICOM en pilas de imágenes 3D

describir
Esta herramienta imprime una descripción detallada de los archivos de entrada como imágenes o
transformación (es).

desnudar
Este programa corrige los artefactos de rayas en las pilas de imágenes adquiridas que pueden resultar de
diferencias de escala de intensidad entre cortes.

detectar_adni_fantasma
Esta herramienta detecta las ubicaciones de todos los puntos de referencia esféricos en una imagen 3D del
Fantasma de imagen estructural Magphan EMR051 (también conocido como ADNI Phantom).

detectar_esferas_filtro_emparejado
Esta herramienta detecta objetos esféricos en imágenes tridimensionales.

dof2mat
Convierta la transformación afín de la representación de grados de libertad a la forma matricial

dwi_mask_bad_slices
Esta herramienta lee un conjunto de imágenes de RM ponderadas por difusión en 3D y encuentra cortes defectuosos. Un malo
corte en una imagen de difusión se detecta como uno cuya intensidad media está fuera de un
intervalo especificado alrededor de la media de las medias de todos los cortes correspondientes de la
restantes imágenes de difusión.

epiunwarp
Corregir la distorsión inducida por falta de homogeneidad del campo B0 en imágenes eco planas (p. Ej.,
imágenes ponderadas por difusión) utilizando dos imágenes adquiridas con codificación de fase opuesta
direcciones.

fib2imagen
Los resultados de seguimiento de fibra de la herramienta de seguimiento de fibra UNC se leen desde la entrada estándar
y todos los puntos de fibra se dibujan en una imagen 3D. El resultado está escrito en uno de los
formatos de archivo de imagen compatibles.

forma fija
Se lee un archivo con resultados de seguimiento de fibra de la herramienta de seguimiento de fibra UNC
Se aplican la entrada estándar y una o más transformaciones de coordenadas (concatenadas)
a todas las coordenadas de los puntos de fibra. El resultado se escribe en Salida estándar, nuevamente en
Formato de archivo de fibra UNC.

película Esta herramienta divide una imagen de entrada intercalada en las imágenes de paso, las registra conjuntamente,
y reconstruye una imagen con corrección de movimiento

filtrar
Esta herramienta aplica operadores de filtrado espacial, incluidos los
opersators, basados ​​en núcleos gaussianos selectivos.

fit_affine_dfield
Ajustar una transformación afín lineal a una transformación no rígida, ya sea una B-spline
deformación de forma libre o un campo de deformación no paramétrico.

fit_affine_xform
Ajustar una transformación afín lineal a una lista de concatenados, opcionalmente invertidos,
transformaciones.

fit_affine_xform_puntos de referencia
Ajuste una transformación afín lineal a un conjunto de puntos de referencia coincidentes.

ajuste_spline_dfield
Ajustar una transformación paramétrica no rígida (deformación de forma libre B-spline) a una
campo de deformación

ajuste_spline_xform
Ajustar una transformación no rígida paramétrica (deformación de forma libre B-spline) a una lista
de transformaciones concatenadas, opcionalmente invertidas.

fver

coincidencia geográfica
Esta herramienta lee dos o más imágenes y prueba si sus dimensiones de cuadrícula, píxeles
los tamaños y las transformaciones de imagen a espacio coinciden. Opcionalmente, todas las imágenes son
reorientado a la orientación estándar antes de realizar la prueba. Si todas las imágenes coinciden,
la herramienta regresa con el código de salida 0, de lo contrario, regresa con el código de salida 2. En caso de
un error (por ejemplo, una de las imágenes no se puede leer), el código de salida es 1.

glm Modelado estadístico de intensidades de píxeles en múltiples imágenes usando un Lineal General
Model.

gmm Segmente una imagen en clases c usando el algoritmo EM para mezclas gaussianas con
a priori opcionales.

forma gregx
ESTA HERRAMIENTA ESTÁ DESCARGADA. POR FAVOR UTILICE streamxform EN SU LUGAR.

grupo_affine
Esta herramienta registra una población de imágenes de entrada simultáneamente, sin una plantilla,
utilizando el algoritmo de 'congelación' o una medida de similitud grupal basada en un
aproximación continua de información mutua ('RMI').

groupwise_init
Calcule la alineación afín inicial para un grupo de imágenes de entrada, que se pueden utilizar como
entrada para el registro grupal

deformación_grupal
Esta herramienta registra de forma no rígida una población de imágenes de entrada simultáneamente, sin
plantilla, utilizando el algoritmo de 'congelación' o una medida de similitud grupal
basado en una aproximación continua de información mutua ('RMI').

hausdorff
Esta herramienta calcula la distancia de Hausdorff entre dos imágenes de etiquetas.

histograma
Cree un histograma de intensidades de imagen y escriba como archivo de texto separado por tabuladores en
salida estándar

imagenmatemáticas
Realice operaciones en imágenes utilizando la notación de postfijo basada en pilas.

Interleaved_bad_slices
Esta herramienta lee una serie temporal de imágenes en 3D y detecta valores atípicos.

promediar_forma_iterativa

jidb Esta herramienta divide una imagen de entrada intercalada en las imágenes de paso, las registra conjuntamente,
y reconstruye una imagen con corrección de movimiento

ajuste de nivel
Segmentación de tipo de conjunto de niveles de primer plano / fondo utilizando una variación regional mínima
energía

lmsba
Esta herramienta combina múltiples segmentaciones de clases múltiples de coregistrados y
atlas reformateados utilizando promedios basados ​​en formas ponderados localmente.

lsba Esta herramienta combina múltiples segmentaciones binarias de co-registradas y reformateadas
atlas utilizando promedios basados ​​en formas ponderados localmente.

voto
Esta herramienta combina múltiples segmentaciones de atlas co-registrados y reformateados
utilizando la votación ponderada localmente.

make_initial_affine
Calcule la transformación afín inicial alineando los centros de masa o los ejes principales

mat2dof
Convertir matriz de transformación a grados de libertad

macaffine
Registro de imágenes afines multicanal mediante histograma o covarianza
medidas conjuntas de entropía

mcwarp
Registro de imagen B-spline no rígido multicanal utilizando histograma o
medidas de entropía conjunta basadas en covarianza

mk_adni_phantom
Genere una imagen del fantasma de calibración de imágenes estructurales ADNI (también conocido como Magphan
EMR051).

mk_analyze_hdr
Cree un archivo de encabezado de acuerdo con el formato Analzye 7.5 basado en parámetros proporcionados por el usuario para
geometría, tipo de datos, orientación, etc.

mk_nifti_hdr
Cree un archivo de encabezado de acuerdo con el formato de archivo NIFTI según los parámetros proporcionados por el usuario para
geometría, tipo de datos, orientación, etc.

mk_phantom_3d
Genere imágenes fantasma digitales en 3D mediante una selección de comandos de dibujo

marbias
Este programa corrige los artefactos de inhomogeneidad de intensidad en las imágenes de RM utilizando un sesgo
campo estimado mediante minimización de entropía.

superposición
Calcular medidas de superposición entre dos o más imágenes

sonda
Esta herramienta imprime valores de píxeles o etiquetas simbólicas en una lista de imágenes proporcionadas por el usuario.
coordenadas

pxbúsqueda
Esta herramienta lee un archivo de imagen, así como una lista de coordenadas de píxeles de
aporte. Para cada píxel, se busca un vecindario local en la imagen para
valor máximo. La ubicación del máximo se escribe luego en la salida estándar.

reformatear
Herramienta de reformateo de volumen extendida para calcular imágenes reformateadas y mapas jacobianos desde
secuencias arbitrarias de transformaciones concatenadas

los resultados
Este programa realiza un registro de imágenes rígido y afín utilizando múltiples resoluciones
Optimización de medidas de similitud de imágenes basadas en vóxeles.

registrox
Este programa realiza un registro de imágenes rígido y afín utilizando múltiples resoluciones
Optimización de medidas de similitud de imágenes basadas en vóxeles.

regreso
Regresión lineal (y polinomial de orden superior) de campos e imágenes de deformación.

reorientar
Convertir entre orientaciones de imagen, es decir, reordenar físicamente la matriz de píxeles y adaptar
información de orientación anatómica almacenada

sba Promedio de segmentaciones (campos de etiqueta) utilizando la Transformada de distancia euclidiana. Todos
las imágenes de entrada deben estar en el mismo espacio. EDT también se calcula en este espacio. Ver
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 para obtener detalles del algoritmo subyacente.

sbai Promedio de segmentaciones (campos de etiqueta) utilizando la Transformada de distancia euclidiana. Esta
La herramienta realiza la interpolación conjunta y el promedio interpolando desde el EDT. Esta
requiere que las entradas sean transformaciones del mismo fijo a (no necesariamente)
diferentes imágenes en movimiento. El cálculo EDT se realiza en el espacio de cada imagen en movimiento.
See http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 para obtener detalles del subyacente
algoritmo.

secuencia
Analizar la secuencia de valores numéricos, que se lee de la entrada estándar

semejanza
Calcule medidas de similitud como diferencia de intensidad o superposiciones de etiquetas entre
dos imágenes.

dividido
Divida la imagen de volumen en subimágenes, es decir, para separar imágenes intercaladas en pases

statistics
Cálculos estadísticos sobre las intensidades de píxeles de la imagen, es decir, medias y estándar
desviaciones

flujo_píxeles
Esta herramienta lee una o más imágenes y escribe todos sus píxeles en la salida estándar en
forma binaria. Opcionalmente, cada imagen se puede reorientar a una anatomía específica
orientación y / o convertido a un tipo de datos diferente. Esto es útil para canalizar
datos de imagen a través de una canalización, por ejemplo, el kit de herramientas Camino DTI.

corrientexform
Se lee una lista de coordenadas de puntos en formato ASCII de la entrada estándar y
siempre que se aplique la secuencia de transformaciones de coordenadas (cada una opcionalmente invertida)
a ellos. A continuación, los puntos transformados se escriben en la salida estándar.

símbolo
Calcule el plano de simetría aproximado de una imagen para determinar, por ejemplo, el
plano medio sagital en imágenes del cerebro humano. Se admiten varias formas de salida,
Por ejemplo, escribir la imagen de entrada con el plano de simetría dibujado en ella, o la entrada
imagen realineada a lo largo del plano de simetría.

simplex
Calcule el plano de simetría aproximado de una imagen para determinar, por ejemplo, el
plano medio sagital en imágenes del cerebro humano. Se admiten varias formas de salida,
Por ejemplo, escribir la imagen de entrada con el plano de simetría dibujado en ella, o la entrada
imagen realineada a lo largo del plano de simetría.

prueba
Pruebas de significancia estadística por píxeles. También calcule correlaciones y puntuaciones z

deshacer
Unir pilas de imágenes separadas en un solo volumen de imagen intercalada

descomponer_imagen_fantasma
Esta herramienta calcula una transformación polinomial o una forma libre B-spline
deformación para desenrollar una imagen. La transformación se basa en lo esperado y lo detectado.
puntos de referencia en una imagen de un fantasma estructural adquirido en el mismo escáner. Utilizar el
Herramienta 'detect_adni_phantom' para detectar puntos de referencia del ADNI Phantom en una imagen y
Genere un archivo de descripción fantasma adecuado para usar con esta herramienta.

vol2csv
Esta herramienta calcula los volúmenes de regiones en una imagen de etiqueta. Opcionalmente acepta
mapas de densidad (por ejemplo, para diferentes tejidos) y calcula e imprime la por región
contenido para cada uno. Además, la herramienta puede aceptar un mapa opcional de 'volumen de píxeles' a la cuenta
para variaciones de volumen de píxeles locales, por ejemplo, debido a distorsión espacial.

volumen_inyección
Reconstrucción de un volumen de alta resolución a partir de múltiples co-registrados (baja resolución)
imágenes usando inyección de volumen hacia adelante

volumen_reconstruccion
Reconstrucción de volumen iterativo a partir de imágenes registradas conjuntamente mediante interpolación inversa
o desbarbado conjunto

vtkxform
Un archivo VTK en formato ASCII se lee desde una entrada estándar y una coordenada proporcionada por el usuario
La transformación (opcionalmente invertida) se aplica a las coordenadas del vértice. A VTK
El archivo con puntos transformados se escribe en la salida estándar.

deformar Este programa realiza un registro de imágenes no rígido mediante optimización de resolución múltiple
de medidas de similitud de imágenes basadas en vóxeles y un B-spline de resolución múltiple
modelo de transformación.

warp2ps
Escriba el campo de deformación como una cuadrícula deformada en formato PostScript para visualización y
ilustración

deformar
Este programa realiza un registro de imágenes no rígido mediante optimización de resolución múltiple
de medidas de similitud de imágenes basadas en vóxeles y un B-spline de resolución múltiple
modelo de transformación.

xform2dfield
Convierta la transformación paramétrica rígida o no rígida en un campo de deformación, muestreado en
ubicaciones de píxeles de una imagen de referencia dada

xform2itk
Esta herramienta convierte las transformaciones de coordenadas del formato CMTK al formato ITK y, en
el proceso, también corrige las diferencias en las convenciones de coordenadas de la imagen

xform2scalar
Esta herramienta extrae medidas escalares de transformaciones y campos de deformación,
muestreado en ubicaciones de cuadrícula y escribe los resultados en una imagen. Ejemplos de apoyados
Las medidas escalares son: componente x, y, z de la transformación, magnitud de la
transformación y determinantes jacobianos.

AUTORES

Torsten Rohlfing, con contribuciones de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff y Yaroslav Halchenko

Use cmtk en línea usando los servicios de onworks.net