cmtk-registrationx: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

registrationx - Registro rígido y afín

SINOPSIS

registrox Imagen de referencia Imagen flotante

DESCRIPCIÓN

Este programa realiza un registro de imágenes rígido y afín utilizando múltiples resoluciones
Optimización de medidas de similitud de imágenes basadas en vóxeles.

CAMPUS

Buscar Kit de herramientas Opciones (estas en compartido by todos CMTK herramientas)
--ayuda
Escriba la lista de opciones básicas de la línea de comandos en la salida estándar.

--ayudar a todo
Escriba una lista completa de opciones de línea de comandos básicas y avanzadas en la salida estándar.

--wiki
Escriba la lista de opciones de la línea de comandos en la salida estándar en el marcado de MediaWiki.

--hombre
Escriba el código fuente de la página man con el marcado 'nroff' en la salida estándar.

--xml
Escriba la especificación de la sintaxis de la línea de comandos en el marcado XML (para la integración de Slicer).

--versión
Escriba la versión del kit de herramientas en la salida estándar.

--eco
Escribe la línea de comando actual en la salida estándar.

- nivel de verbo
Establecer el nivel de verbosidad.

--verboso, -v
Incrementar el nivel de verbosidad en 1 (obsoleto; admitido por compatibilidad con versiones anteriores).

--hilos
Establezca el número máximo de subprocesos paralelos (para subprocesos POSIX y OpenMP).

Automatización Opciones
--auto-multi-niveles
Generación automática de parámetros de optimización y resolución para niveles [Defecto:
0]

Optimización ajustes
--max-stepize
Tamaño máximo del paso del optimizador, que determina la exploración del espacio de búsqueda. [Defecto: 8]

--min-stepize
Tamaño mínimo del paso del optimizador, que determina la precisión. [Defecto: 0.1]

- factor de paso
Factor para la reducción del tamaño del paso de búsqueda. Debe ser> 0.0 y <1.0 [Defecto: 0.5]

--delta-f-umbral
Umbral opcional para terminar la optimización (nivel) si el cambio relativo del objetivo
la función cae por debajo de este valor. [Defecto: 0]

Imagen resolución parámetros
--muestreo , -s
Muestreo de imágenes (resolución de imagen remuestreada más fina) [Defecto: 1]

- el más grosero
Límite superior para el muestreo de imágenes en la jerarquía de varias resoluciones [Defecto: -dieciséis]

--omit-datos-originales
No utilice datos originales en resolución completa, omita la etapa final en multiresolución
jerarquía, reduciendo así el tiempo de cálculo.

parámetros
--dofs [, , ...]
Suma el número de grados de libertad. Puede ser 3 (traducción), 6 (rígido: traducción
y rotación), 7 (escala rígida más global), 9 (escamas rígidas más anisotrópicas), 12
(rígido más escamas más cizallas), 3003 (traslación más cizalla), 3033 (traslación,
cizalla y escala) o 3303 (rígida más cizalla, pero sin escala). Esta opción puede ser
repetido, en cuyo caso los DOF ​​se utilizan para sucesivas ejecuciones de optimización en el orden
que aparecen.

--dofs-final [, , ...]
Agregue el número de grados de libertad solo para el nivel final [se puede repetir]

--simétrico
Utilice la función de registro simétrico para estimar simultáneamente hacia adelante y hacia atrás
transformación. Esto aumenta sustancialmente el tiempo de registro pero produce un resultado
que es invariante bajo el intercambio de imagen fija y en movimiento. También puede ser más
robusto y / o más preciso que el registro solo hacia adelante.

--restricción en el plano
Restringir la transformación afín para que esté en el plano de los planos perpendiculares a una determinada
eje de coordenadas. Valores admitidos: "xy", "xz", "yz", "ninguno", donde el valor predeterminado es
"ninguno", o utilice uno de los siguientes:

--xy Transformación restringida a en el plano para el plano 'xy' (perpendicular a z
eje de coordenadas).

--xz Transformación restringida a en el plano para el plano 'xz' (perpendicular ay
eje de coordenadas).

--yz Transformación restringida a en el plano para el plano 'yz' (perpendicular ax
eje de coordenadas).

--ninguno
Se calcula la transformación afín 3D completa. [Esta is las defecto]

--en eso
Seleccione el inicializador para la transformación afín. Valores admitidos: "ninguno", "fov",
"com", "pax", "físico", donde el valor predeterminado es "fov", o utilice uno de los siguientes:

--ninguno
Utilice la transformación de entrada o la transformación de identidad si no se proporcionó ninguna.

--fov
Alinee los centros del campo de visión (o regiones de cultivo) mediante una traslación. [Esta is
las defecto]

--com
Alinee los centros de masa mediante una traslación.

--paz
Alinear imágenes por rotación usando ejes principales y traslación usando centros de
masa.

--físico
Alinear imágenes por rotación usando vectores de dirección almacenados en imágenes de entrada y
traducción utilizando los orígenes de la imagen.

--inicial
Inicializar la transformación de la ruta dada [Defecto: NINGUNO]

--inicial-es-inverso
Invertir la transformación inicial antes de inicializar el registro

Imagen datos
--registro-metric
Métrica de registro para estimación de movimiento mediante registro de imagen a imagen. Soportado
valores: "nmi", "mi", "cr", "rms", "msd", "ncc", donde el valor predeterminado es "nmi", o use
uno de los siguientes:

--nmi
Métrica de información mutua normalizada [Esta is las defecto]

--mi Métrica estándar de información mutua

--cr Métrica del índice de correlación

--rms
Métrica de raíz de cuadrados medios (esta es la raíz cuadrada de MSD)

--msd
Métrica de diferencia cuadrática media

--ICONA
Métrica de correlación cruzada normalizada

El Imagen Interpolación Opciones
--interpolación
Método de interpolación para muestreo de imágenes flotantes: valores admitidos: "más cercano-
vecino "," lineal "," cúbico "," coseno-sinc "," volumen parcial "," automático ", donde el
el valor predeterminado es "automático", o utilice uno de los siguientes:

--Vecino más cercano
Interpolación de vecino más cercano (para intensidad y datos de etiqueta)

--lineal
Interpolación trilineal

--cúbico
Interpolación tricúbica

--coseno-sinc
Interpolación sinc con ventana de coseno (más precisa pero más lenta)

--volumen parcial
Interpolación de volumen parcial (para datos de etiqueta)

--automático
Seleccione la interpolación automáticamente según el tipo de datos: lineal para nivel de gris
datos, vecino más cercano para los datos de la etiqueta. [Esta is las defecto]

- histogramas de coincidencia
Haga coincidir el histograma de imagen flotante con el histograma de imagen de referencia.

--forzar-fuera-valor
Forzar los valores fuera del campo de visión a este valor en lugar de eliminar el píxel incompleto
pares [Defecto: discapacitado]

Referencia Imagen preprocesamiento
--clase-ref
Clase de datos: gris (predeterminado) o etiqueta [Defecto: NINGUNO]

--pad-ref
Valor de relleno [Defecto: discapacitado]

--thresh-min-ref
Umbral de truncamiento de valor mínimo [Defecto: discapacitado]

--umbral-max-ref
Umbral de truncamiento de valor máximo [Defecto: discapacitado]

--prune-histograma-ref
Número de contenedores para la poda basada en histogramas [Defecto: discapacitado]

--histograma-ecualización-ref
Aplicar ecualización de histograma

- media-filtro-radio-ref
Aplicar filtro de mediana con radio dado [Defecto: 0]

--sobel-filtro-ref
Aplicar el filtro de detección de bordes de Sobel

--ref-índice de cultivo
Región de recorte en coordenadas de índice de píxeles [analizada como% d,% d,% d,% d,% d,% d para
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Defecto: NINGUNO]

--crop-world-ref
Región de recorte en coordenadas mundiales [analizada como% f,% f,% f,% f,% f,% f para
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Defecto: NINGUNO]

--cosecha-umbral-ref
Recorte automático basado en el umbral [Defecto: discapacitado]

El Imagen preprocesamiento
--clase-flt
Clase de datos: gris (predeterminado) o etiqueta [Defecto: NINGUNO]

--pad-flt
Valor de relleno [Defecto: discapacitado]

--thresh-min-flt
Umbral de truncamiento de valor mínimo [Defecto: discapacitado]

--thresh-max-flt
Umbral de truncamiento de valor máximo [Defecto: discapacitado]

--prune-histograma-flt
Número de contenedores para la poda basada en histogramas [Defecto: discapacitado]

--histograma-ecualización-flt
Aplicar ecualización de histograma

--filtro-mediana-radio-flt
Aplicar filtro de mediana con radio dado [Defecto: 0]

--sobel-filtro-flt
Aplicar el filtro de detección de bordes de Sobel

--índice de cultivo-flt
Región de recorte en coordenadas de índice de píxeles [analizada como% d,% d,% d,% d,% d,% d para
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Defecto: NINGUNO]

--crop-world-flt
Región de recorte en coordenadas mundiales [analizada como% f,% f,% f,% f,% f,% f para
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Defecto: NINGUNO]

--cultivo-trilla-flt
Recorte automático basado en el umbral [Defecto: discapacitado]

Salida parámetros
--producción , -o
Ruta de salida para la transformación final [Defecto: NINGUNO]

--escribir-matriz
Ruta de salida para la transformación final en formato matricial [Defecto: NINGUNO]

--escribir-parámetros
Ruta de salida para la transformación final en formato de lista de parámetros simple [Defecto: NINGUNO]

--protocolo de escritura
Nombre del archivo de salida del protocolo de optimización [Defecto: NINGUNO]

- tiempo de escritura
Nombre del archivo de salida de estadísticas de tiempo de cálculo [Defecto: NINGUNO]

Importa Resultados dentro Slicer
--escribe-itk
Ruta de salida para la transformación final en formato ITK [Defecto: NINGUNO]

- reformateado por escrito
Escribe una imagen flotante reformateada. [Defecto: NINGUNO]

Imagen / Transformación Base de datos
--db
Ruta a la base de datos de imagen / transformación que debe actualizarse con la nueva
registro y / o imagen reformateada. [Defecto: NINGUNO]

AUTORES

Torsten Rohlfing, con contribuciones de Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff y Yaroslav Halchenko

Utilice cmtk-registrationx en línea utilizando los servicios de onworks.net