Este es el comando CountCount que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
CoberturaCount: contando la cobertura de las lecturas mapeadas en cada ubicación en todo el
genoma de referencia
DESCRIPCIÓN
CoberturaCount Versión 1.5.0-p1
Este programa calcula la cobertura de lecturas mapeadas en cada ubicación en
el genoma de referencia. Genera un archivo binario para cada cromosoma concatenando el
niveles de cobertura como números enteros de 4 bytes.
Uso
CoberturaCount [opciones] -i -o
Argumentos requeridos:
-i
Nombre del archivo de entrada en formato SAM o BAM.
-o
Prefijo de los archivos de salida. Cada archivo de salida contiene números enteros de cuatro bytes
Argumentos opcionales:
--maxMOp Número máximo de operaciones 'M' permitidas en una cadena CIGAR.
10 por defecto. Tanto 'X' como '=' se tratan como 'M' y las operaciones 'M' adyacentes son
fusionado en la cadena CIGAR.
CoberturaCount Versión 1.5.0-p1
Este programa calcula la cobertura de lecturas mapeadas en cada ubicación en
el genoma de referencia. Genera un archivo binario para cada cromosoma concatenando el
niveles de cobertura como números enteros de 4 bytes.
Uso
CoberturaCount [opciones] -i -o
Argumentos requeridos:
-i
Nombre del archivo de entrada en formato SAM o BAM.
-o
Prefijo de los archivos de salida. Cada archivo de salida contiene números enteros de cuatro bytes
Argumentos opcionales:
--maxMOp Número máximo de operaciones 'M' permitidas en una cadena CIGAR.
10 por defecto. Tanto 'X' como '=' se tratan como 'M' y las operaciones 'M' adyacentes son
fusionado en la cadena CIGAR.
Utilice el contador de cobertura en línea utilizando los servicios de onworks.net
