Este es el comando delta2maf que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
delta2blocks - herramienta adicional para mummer de parche de mugsy para ordenar alineaciones
delta2maf - herramienta adicional para mummer de parche de mugsy para ordenar alineaciones
SINOPSIS
delta2bloques [opciones]<referenciaID><preguntaID>
delta2maf [opciones]<referenciaID><preguntaID>
DESCRIPCIÓN
-h Mostrar información de ayuda
-q Ordenar alineaciones por la coordenada de inicio de la consulta
-r Ordenar alineaciones por la coordenada de inicio de referencia
-w int Establece el ancho de la pantalla; el valor predeterminado es 60
-x int Establezca el tipo de matriz; el valor predeterminado es 2 (BLOSUM 62), otras opciones incluyen 1 (BLOSUM 45)
y 3 (BLOSUM 80)
nota: solo tiene efecto sobre las alineaciones de aminoácidos
La entrada es la salida .delta del programa "nucmer" o "promer" pasado en el
línea de comando.
La salida es stdout y consta de todas las alineaciones entre la consulta y la referencia
secuencias identificadas en la línea de comando.
NOTA: No se realiza ninguna clasificación de forma predeterminada, por lo tanto, las alineaciones se ordenarán como se encuentra en
los aporte.
Utilice delta2maf en línea utilizando los servicios de onworks.net
