Este es el comando domainaligne que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
domainalign: genera alineaciones (archivo DAF) para nodos en un archivo DCF.
SINOPSIS
alineación de dominio -dcfinfile en archivo -pdbdir directorio -nodo lista -modo lista -mantenimientos palanca
-dafoutdir exterior -singletsoutdir exterior -superoutdir exterior -archivo de registro archivar
alineación de dominio -ayuda
DESCRIPCIÓN
alineación de dominio es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del grupo de comandos "Proteína: Estructura 3D".
CAMPUS
Entrada .
-dcfinfile en archivo
Esta opción especifica el nombre del archivo DCF (archivo de clasificación de dominio) (entrada). A
'archivo de clasificación de dominio' contiene la clasificación y otros datos para dominios de
SCOP o CATH, en formato DCF (tipo EMBL). Los archivos se generan utilizando SCOPPARSE
y CATHPARSE. La información de secuencia de dominio se puede agregar al archivo usando
DOMINIO SEQS.
-pdbdir directorio
Esta opción especifica la ubicación de los archivos PDB de dominio (entrada). Un 'archivo PDB de dominio'
contiene datos de coordenadas para un solo dominio de SCOP o CATH, en formato PDB. los
Los archivos se generan mediante DOMAINER. Valor por defecto: ./
Requerido .
-nodo lista
Esta opción especifica el nodo para la eliminación de la redundancia. La redundancia se puede eliminar en
cualquier nodo especificado en las jerarquías SCOP o CATH. Por ejemplo, seleccionando 'Clase'
Las entradas pertenecientes a la misma clase no serán redundantes. Valor predeterminado: 1
-modo lista
Esta opción especifica el algoritmo de alineación que se utilizará. Valor predeterminado: 1
-mantenimientos palanca
Esta opción especifica si se deben escribir secuencias de familias de singletes en el archivo. Si tu
especificar esta opción, la secuencia para cada familia singlete se escribe en el archivo
(producción). Valor predeterminado: Y
Salida .
-dafoutdir exterior
Esta opción especifica la ubicación de los archivos DAF (archivos de alineación de dominio) (salida). A
'archivo de alineación de dominio' contiene una secuencia de alineación de dominios que pertenecen al mismo
Familia SCOP o CATH. Los archivos están en formato de clúster y están anotados con el dominio.
información de clasificación familiar. Los archivos generados mediante el uso de SCOPALIGN contendrán
una alineación de secuencia basada en la estructura de dominios de estructura conocida solamente. Tal
Las alineaciones se pueden extender con secuencias parientes (de estructura desconocida) usando
SEQALIGN. Valor por defecto: ./
-singletsoutdir exterior
Esta opción especifica la ubicación de los archivos DHF (archivos de aciertos de dominio) para singlete
secuencias (salida). Los singlets se escriben como un 'archivo de hits de dominio', que
contiene resultados de la base de datos (secuencias) con información de clasificación de dominio, en FASTA
formato. Valor por defecto: ./
-superoutdir exterior
Esta opción especifica la ubicación de los archivos de superposición estructural (salida). A
archivo en formato PDB de la superposición estructural se genera para cada familia si
se utiliza el algoritmo STAMP. Valor por defecto: ./
-archivo de registro archivar
Esta opción especifica el nombre del archivo de registro (salida). El archivo de registro contiene mensajes
sobre cualquier error que surja durante la ejecución de domainalign. Valor predeterminado: domainalign.log
Utilice domainaligne en línea utilizando los servicios de onworks.net
