Este es el comando efetch que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
efetch: recupera entradas de bases de datos de secuencias.
SINOPSIS
recuperar -opciones [base de datos:]
DESCRIPCIÓN
A finales de los 90, efetch era una herramienta muy popular para recuperar entradas de
las bases de datos públicas de secuencias y motivos bioinformáticos más comunes.
BASES DE DATOS
SWissprot / SP, PIR, WOrmpep / WP, EMbl, GEnbank / GB, ProDom, ProSite
OPCIONES:
-a Buscar con número de acceso
-f Salida de formato rápido
-q Salida de secuencia única (una línea)
-s <#> Comience en la posición #
-e <#> Deténgase en la posición #
-o Más opciones e información ...
-D Especificar el directorio de la base de datos
-H Mostrar datos de encabezado de índice
-p Mostrar nombres de entrada en la ruta de búsqueda
-r Secuencia de impresión en formato 'raw'
-m Obtener de una mini base de datos mixta
-M Salida de formato mini
-b NO invierta el orden de los bytes (SunOS, IRIX invierte, Alpha no)
-d Especifique el archivo de la base de datos (evite esto)
-i Especificar archivo de índice (evitar esto)
-l Especifique la tabla de búsqueda de división (evite esto)
-B Especificar base de datos (arcaico)
-A Solo devuelva el nombre de la entrada para el número de acceso
-n Dale a la secuencia este nombre
-x No requiera que la consulta coincida exactamente con el nombre de la entrada (evitar)
-w Para Wormpep: también obtenga la entrada SwissProt con referencias cruzadas
-h muestra este texto de ayuda
MEDIO AMBIENTE
SWDIR = directorio SwissProt - base de datos y archivos de índice EMBL PIRDIR = PIR
-- " -- WORMDIR = Wormpep -- " -- EMBLDIR = EMBL -- " -- GBDIR =
banco de energía -- " -- PRODOMDIR = ProDom -- " -- PROSITEDIR = ProSitio -- " -- DBDIR
= Propio del usuario -- " -- (formato fasta)
Archivo de base de datos SEQDB (SwissProt predeterminado)
Tabla de búsqueda de divisiones DIVTABL del archivo de índice SEQDBIDX
Ex. setenv DBDIR / pubseq / seqlibs / embl /
Tenga en cuenta que las secuencias de consenso de la familia Prodom pueden ser obtenidas por PD: _ #
Utilice efetch en línea utilizando los servicios de onworks.net
