Este es el comando fox que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fox - determinación de estructura ab-initio a partir de datos de difracción
SINOPSIS
zorro [opciones] [archivo.xml]
DESCRIPCIÓN
El zorro (Objetos libres para cristalografía) se creó para el cristal ab initio
solución de estructura a partir de datos de difracción. Sus características más interesantes para ab initio
la determinación de la estructura son:
* descripción versátil del contenido del cristal;
* corrección automática para posiciones especiales y átomos compartidos entre poliedros;
* la capacidad de usar simultáneamente múltiples patrones de polvo;
* algoritmos inteligentes de optimización global;
* una interfaz gráfica con una vista de estructura de cristal 3D y actualizaciones en vivo durante el
proceso de optimización.
CAMPUS
Este programa se puede ejecutar con o sin opciones de línea de comando o archivo de entrada (file.xml).
Sigue la sintaxis habitual de la línea de comandos de GNU, con opciones largas que comienzan con dos guiones.
(`- '). Un resumen de las opciones se incluye a continuación. Para una descripción completa, vea el zorro
wiki http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual
--ayuda Mostrar resumen de opciones.
--LoadFouriergrd mapa.grd
Cargue y muestre el mapa de Fourier 'map.grd' con la (primera) estructura de cristal
--loadfourierdsn6 mapa.DN6
Cargue y muestre un mapa de Fourier DSN6 con la (primera) estructura de cristal
--nogui
Ejecutar sin GUI, inicia automáticamente la optimización; nogui puede ir acompañado de
las siguientes opciones:
-n 10000
Ejecutar durante 10000 pruebas como máximo (predeterminado: 1000000)
--nbrun 5
Haga 5 carreras, aleatorizando antes de cada carrera (predeterminado: 1), use -1 para ejecutar indefinidamente
-o fuera.xml
Salida en 'out.xml'
- aleatorizar
Aleatorizar la configuración inicial
--silencio
Produce (casi) sin salida de texto
--costo final 0.15
Ejecute la optimización hasta que el costo sea <0.15
--cif2patrón 1.5406 170 5000 .1
Simular patrón para cristal de entrada, longitud de onda = 1.5406 hasta 170 ° con 500 puntos
un ancho de pico de 0.1 °
EJEMPLOS
Zorro silicio.xml
Cargue el archivo 'silicon.xml' e inicie la GUI.
Zorro Cimetidina-polvo.xml --nogui - aleatorizar -n 1000000 -o mejor.xml
Cargue el archivo 'ktartrate.xml', aleatorice, luego haga 1 optimización de 1 millón de pruebas,
y guarde la mejor estructura en 'best.xml'.
Zorro Cimetidina-polvo.xml --nogui - aleatorizar -n 10000000 --nbrun 10 -o mejor.xml
Cargue el archivo 'Cimetidine-powder.xml', luego haga 10 ejecuciones (comenzando desde un
estructura) de 10 millones de pruebas (cada ejecución guarda un archivo xml) y guarda el mejor
estructura en 'best.xml'.
Zorro Cimetidina-polvo.xml --nogui --silencio - aleatorizar -n 10000000 --nbrun 10 --costo final
200000 -o mejor.xml
Cargue el archivo 'Cimetidine-powder.xml', luego realice 10 ejecuciones silenciosas de 10 millones de pruebas
(cada ejecución guarda un archivo xml) y guarda la mejor estructura en 'best.xml'. Para cada
ejecutar, la optimización se detiene si el costo es inferior a 200000.
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