Este es el comando fpromlke que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fpromlk - Filogenia de proteínas por máxima verosimilitud
SINOPSIS
fpromlk -secuencia seqsetall -entrearchivo árbol [-categorías entero] -Velocidad matriz
-categorías propiedades [-pesos propiedades] -longitudes booleano [-modelo lista]
[-gama lista] -gamacoeficiente flotar -ngammacat entero -invarcoeficiente flotar
-ninvarcat entero -invarfrac flotar -nhmmcategorías entero -hmmtasas matriz
-hmmprobabilidades matriz -adjetivo booleano -lambda flotar -enredar entero
-semilla entero -global booleano [-outgrno entero] -archivo de salida archivar [-trucha palanca]
-outtreefile archivar [-imprimirdatos booleano] [-Progreso booleano] [-árbol booleano]
[-hipstate booleano]
fpromlk -ayuda
DESCRIPCIÓN
fpromlk es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "Filogenia: Secuencia molecular".
CAMPUS
Entrada .
-secuencia seqsetall
Archivo que contiene una o más alineaciones de secuencia
-entrearchivo árbol
-categorías entero
Valor predeterminado: 1
-Velocidad matriz
-categorías propiedades
-pesos propiedades
Adicionales .
-longitudes booleano
Valor predeterminado: N
-modelo lista
Valor predeterminado: Jones-Taylor-Thornton
-gama lista
Valor predeterminado: n
-gamacoeficiente flotar
Valor predeterminado: 1
-ngammacat entero
Valor predeterminado: 1
-invarcoeficiente flotar
Valor predeterminado: 1
-ninvarcat entero
Valor predeterminado: 1
-invarfrac flotar
Valor predeterminado: 0.0
-nhmmcategorías entero
Valor predeterminado: 1
-hmmtasas matriz
Valor predeterminado: 1.0
-hmmprobabilidades matriz
Valor predeterminado: 1.0
-adjetivo booleano
Valor predeterminado: N
-lambda flotar
Valor predeterminado: 1.0
-enredar entero
-semilla entero
Valor predeterminado: 1
-global booleano
Valor predeterminado: N
-outgrno entero
Salida .
-archivo de salida archivar
-trucha palanca
Valor predeterminado: Y
-outtreefile archivar
-imprimirdatos booleano
Valor predeterminado: N
-Progreso booleano
Valor predeterminado: Y
-árbol booleano
Valor predeterminado: Y
-hipstate booleano
Valor predeterminado: N
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