freecontact - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

freecontact - predictor rápido de contacto con proteínas

SINOPSIS

freecontact [OPCIÓN]

contacto libre --parprof [evfold | psicov | psicov-sd] <alineación.aln> contactos.out

/ usr / share / freecontact / a2m2aln --query '^ RASH_HUMAN / (\ d +)' <align.fa | contacto libre
--parprof evfold> contactos.out

freecontact --ali =ALIFILO --apply-gapth =BOOL --clustpc =NUM --densidad =NUM --cov20 =BOOL
--estimate-ivcov =BOOL --gapth =NUM --icme-timeout =NUM --input-format =[plano | xml]
--mincontsep =NUM --output-format =[evfold | pfrmat_rr | bioxsd] --pseudocnt =NUM
--pscount-weight =NUM --rho =NUM --threads =NUM --veczw =BOOL

contacto libre --ayuda --depuración --quiet --versión

DESCRIPCIÓN

FreeContact es un predictor de contacto de residuos de proteínas optimizado para la velocidad. FreeContact puede
funcionar como un acceso directo acelerado para los predictores de contacto publicados EVfold-mfDCA de
DS. Marks y col. (2011) [1] y PSICOV de D. Jones et al. (2011) [2].

FreeContact se acelera mediante una combinación de instrucciones vectoriales, varios subprocesos y
implementación más rápida de partes clave. Dependiendo de la alineación, aceleraciones de 8 veces o más
es posible.

Se requiere una alineación suficientemente grande para obtener resultados significativos. Como mínimo, una
alineación con un recuento de secuencia efectivo (después de la ponderación) mayor que la longitud del
Se debe utilizar la secuencia de consultas. Alineaciones con decenas de miles de secuencias (efectivas)
se consideran una buena entrada.

jackhmmer(1) o hhblits(1) se puede utilizar para generar las alineaciones, por ejemplo.

[1] PLoS Uno. 2011;6(12): e28766. doi: 10.1371 / journal.pone.0028766. Epub 2011 7 de diciembre.
Estructura 3D de proteínas calculada a partir de la variación de la secuencia evolutiva. Marks DS, Colwell LJ,
Sheridan R, Hopf TA, Pagnani A, Zecchina R, Sander C.

[2] Bioinformática. 2012 15 de enero;28(2): 184-90. Publicación electrónica del 2011 de noviembre de 17. PSICOV: precisa
predicción de contacto estructural utilizando la estimación de covarianza inversa escasa en múltiplos grandes
alineaciones de secuencia. Jones DT, Buchan DW, Cozzetto D, Pontil M.

Entrada
Se admiten los siguientes formatos:

plano
Se utiliza el siguiente formato de archivo de entrada simple:

# querystart = 5
# query = QUERYwithinsertionSEQUENCEWITHNOGAPSORINSERTIONS
CONSULTA SECUENCIA CON NOGAPSO INSERCIONES
-ALINEADO --- SECUENCIA - CON-ESPACIOS -----
OTRA SECUENCIA ALINEADA ------------

Las líneas de encabezado '#' son opcionales. Las líneas de encabezado se utilizan para calcular el residuo de contacto
números y buscar los respectivos residuos de consultas para determinados formatos de salida.

Si no se define ninguna consulta, la primera secuencia de la alineación se utiliza como consulta
secuencia. La secuencia de consulta no debe contener espacios en la alineación.

Todas las filas de alineación deben tener la misma longitud y solo pueden contener
[ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTU VWXYZ-]. [B] se asigna a [D], [Z] se asigna a [E], [JOUX] se
asignado a [X]. [X] coincide solo con sí mismo para todo el programa.

Las alineaciones de entrada A2M se pueden convertir al formato anterior usando
/ usr / share / freecontact / a2m2aln. a2m2aln se puede utilizar para canalizar la alineación directamente
en freecontact.

xml Documento XML con unohttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
elemento, definido en el esquema FreeContact [4] derivado de BioXSD [5].

Ejemplo: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml.

Salida
El formato de salida original EVfold-mfDCA o PSICOV se utiliza por defecto cuando el respectivo
se selecciona el perfil de parámetro.

evolucionar (EVfold-mfDCA)
5 K 6 L 0.332129 3.59798
| | | | | + puntuación de contacto de norma corregida (CN)
| | | | + puntuación de información mutua (MI)
| | | + código de residuo de aminoácido de contacto
| | + contacto número de residuo
| + código de residuo de aminoácido de contacto
+ número de residuo de contacto

Los contactos se clasifican por número de residuo.

pfrmat_rr (PSICOV)
Formato de predicción de separación residuo-residuo CASP (PFRMAT RR) [3]:

55 67 0 8 10.840280
| | | | + puntuación de contacto
| | + - + rango [Å] de la distancia Cb-Cb predicha para el par de residuos
| | (C-alfa para glicinas)
| | Estos dos campos son invariantes en la salida.
| + contacto número de residuo
+ número de residuo de contacto

Los contactos se ordenan por puntuación, de forma descendente.

[3]http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi? página = formato>

bioxsd
Documento XML con unohttp://rostlab.org/freecontact/xsd"/>
elemento, definido en el esquema FreeContact [4] derivado de BioXSD [5].

Ejemplo: /usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.evfold.50.xml.

Nota: dado que BioXSD está en desarrollo activo en colaboración con FreeContact, el
El esquema de FreeContact puede derivarse de una versión que aún no está disponible en [5].

[4]

[5]http://bioxsd.org>

Es posible que la salida no enumere todos los contactos posibles.

Referencias

Enviado. FreeContact: predicción rápida y gratuita del contacto directo residuo-residuo.
Kaján L, Sustik MA, Marks DS, Hopf TA, Kalaš M, Rost B.

CAMPUS

-a [--threads] arg
Hilos a utilizar [0-). 0 significa tantos como núcleos.

--aplicar-gapth arg
Cuando sea verdadero, excluya las columnas y filas de residuos con una frecuencia de brecha ponderada> --brecha
de la matriz de covarianza [booleana].

-c [--clustpc] arg
Porcentaje de agrupación BLOSUM [0-100].

--cov20 arg
Si es cierto, deje un aminoácido fuera de la matriz de covarianza, por lo que no está sobredeterminado.
[Booleano].

-d [--densidad] arg
Densidad de la matriz de precisión objetivo [0-1]. Colocar 0 para no controlar la densidad.

--depurar
Activa la depuración.

--estimar-ivcov arg
Utilice la estimación de la matriz de covarianza inversa en lugar de la inversión de la matriz [booleano].

-f [--ali] arg (= -)
Archivo de alineación [ruta]. Si '-', entrada estándar. Defecto: '-'.

-g [--gapth] arg
Umbral de frecuencia de intervalo ponderado (0-1].

-h [--help]
Produzca este mensaje de ayuda.

-i [--formato de entrada] arg (= plano)
Formato de entrada [plano | xml].

--icme-timeoutarg (= 1800)
Tiempo de espera de estimación de la matriz de covarianza inversa en segundos [0-). Aplicado a cada variante
llamar de forma independiente. Si se agota el tiempo de espera, el programa sale con el estado 2.

--mincontsep arg
Separación mínima de pares de residuos en contacto por secuencia dada en aminoácidos como
(ji> = arg). 1 para residuos adyacentes. [1-).

-o [--formato de salida] arg
Formato de salida [evfold | pfrmat_rr | bioxsd].

--parprof arg (= predeterminado)
Perfil de parámetro (opcional) [predeterminado | evfold | psicov]. El perfil predeterminado es evolucionar.

Los argumentos de la línea de comandos se pueden utilizar para anular los valores del perfil.

evolucionar
Activa el modo de compatibilidad EVfold-mfDCA [1].

psicov
Activa el modo de compatibilidad PSICOV [2].

psicov-sd
Activa PSICOV [2] modo predeterminado sensible: rho predeterminado fijo, sin control de densidad.

-w [--pscount-weight] arg
Peso del pseudo recuento [0-1].

-p [--pseudocnt] arg
Pseudocuenta [0-).

--energía
Imprime parámetros efectivos en error estándar. Utilice esta opción para ver qué parámetros
contacto libre(1) se ejecuta con detalle. Esto es especialmente útil cuando el --parprof
La opción se usa en combinación con otras opciones.

--arg rho
Valor inicial del parámetro de regularización Glasso [0-). Si es negativo, elija valor
automáticamente.

--arg silencioso (= 0)
No imprima más que mensajes de error en caso de error estándar. No afecta --depurar.

--veczwarg
Utilice la ponderación de secuencia vectorizada cuando esté disponible [booleano].

--versión
Versión impresa.

SALIR ESTADO

0 Sin error, éxito.

1 Error no especificado.

2 Un tiempo de espera (ver --icme-tiempo de espera) ocurrió.

EJEMPLOS

/ usr / share / freecontact / a2m2aln --query '^ RASH_HUMAN / (\ d +)' <'/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.fa' | \
contacto gratuito --parprof evfold> PF00071_v25_1000.evfold

freecontact --parprof evfold -i xml -o bioxsd <'/usr/share/doc/freecontact/examples/PF00071_v25_1000.xml'> PF00071_v25_1000.evfold.xml

freecontact --parprof psicov </usr/share/doc/freecontact/examples/demo_1000.aln> demo_1000.psicov

NOTAS

Para un rendimiento óptimo, utilice el software de álgebra lineal ajustada automáticamente (ATLAS)
bibliotecas compilado on las máquina donde se ejecuta freecontact.

Use freecontact en línea usando los servicios de onworks.net