Este es el comando frendp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
frend.pl - Renderizar un archivo de características Bio :: Graphics en la web
SINOPSIS
http://your.host.com/cgi-bin/frend.pl
DESCRIPCIÓN
El script frend.pl es una interfaz delgada alrededor del módulo Bio :: Graphics. Acepta un
lista de archivos que contienen la secuencia (proteína, nucleótido) característica de coordenadas de la
archivo (s) enumerados en la línea de comando o en la entrada estándar, los renderiza y produce un PNG
archivo en salida estándar.
INSTALACIÓN
Copie este script en el directorio cgi-bin de su sitio web. Nómbralo como quieras.
Feature archivos Formato
Este script acepta y procesa anotaciones de secuencia en un formato simple delimitado por tabulaciones o
en formato GFF.
El formato de archivo de características tiene una sección de configuración y una sección de datos. La configuración
sección configura el tamaño y las propiedades generales de la imagen, y la sección de datos proporciona
los datos de la función en sí.
Configuración Sección
Si no se proporciona, estos scripts generan una sección de configuración predeterminada razonable para
usted, por lo que no es necesario que proporcione una sección de configuración para obtener una imagen razonable.
Sin embargo, para ajustar la apariencia de la imagen, probablemente desee modificar el
configuración. Aquí hay un extracto de la sección de configuración:
# archivo de ejemplo
[general]
bases = -1000..21000
altura = 12
[EST]
glifo = segmentos
bgcolor = amarillo
conector = sólido
altura = 5
[GENES]
glifo = transcripción2
bgcolor = verde
descripción = 1
La sección de configuración se divide en un conjunto de secciones, cada una etiquetada con un
[sección de título]. La sección [general] especifica opciones globales para toda la imagen.
Otras secciones se aplican a tipos de funciones particulares. En el ejemplo anterior, la configuración
en la sección [EST] se aplica a las funciones etiquetadas como EST, mientras que la configuración en el
La sección [FGENES] se aplica a las funciones etiquetadas como predicciones del gen FGENES
programa de predicción.
Dentro de cada sección hay una serie de pares nombre = valor, donde el nombre es el nombre de un
opción para configurar. Puede poner espacios en blanco alrededor del signo = para que sea más legible, o incluso
use dos puntos (:) si lo prefiere. Se reconocen los siguientes nombres de opciones:
Ejemplo de valor de opción
------ ----- -------
bases Mínimo y máximo del rango de secuencia (bp) 1200..60000
ancho ancho de la imagen (píxeles) 600
altura Altura de cada elemento gráfico (píxeles) 10
Estilo de glifo de cada elemento gráfico (ver más abajo) transcripción
fgcolor Color de primer plano de cada elemento amarillo
bgcolor Color de fondo de cada elemento azul
linewidth Ancho de las líneas 3
etiqueta Imprime el nombre de la función 1
descripción Si se imprime la descripción de la función 0
Bump Los elementos no pueden colisionar 1
garrapatas Imprime marcas de graduación en las flechas 1
conector Tipo de conector de grupo (discontinuo, sombreado o sólido) discontinuo
Las opciones "bases" y "ancho" solo son relevantes en la sección [general]. Son
anulado por las opciones de la línea de comandos con el mismo nombre.
El resto de las opciones se pueden ubicar en cualquier sección, pero si están presentes en el
La sección [general] establecerá valores predeterminados para los demás.
Los colores son nombres de color en inglés o colores #RRGGBB de estilo web (consulte un libro sobre HTML
para una explicación). Los valores verdadero / falso son 1 para verdadero y 0 para falso. Los rangos numéricos pueden
expresarse en forma de inicio .. fin con dos puntos, o como inicio-fin con un guión.
La opción "glifo" controla cómo se representan las entidades. Los siguientes glifos son
implementado:
Descripción del nombre
---- -----------
caja Un rectángulo relleno, no direccional.
elipse Un óvalo.
flecha Una flecha; puede ser unidireccional o
bidireccional. También es capaz de mostrar
una escala con marcas de graduación mayores y menores, y puede
estar orientado horizontal o verticalmente.
segmentos Un conjunto de rectángulos rellenos conectados por sólidos
líneas. Se utiliza para funciones interrumpidas, como
alineaciones con huecos y grupos de exones.
transcripción Similar a los segmentos, pero la línea de conexión es
una forma de "sombrero" y la dirección de
la transcripción se indica con una pequeña flecha.
transcript2 Similar a la transcripción, pero la dirección de
la transcripción está indicada por un segmento terminal
en forma de flecha.
cebadores Dos flechas que apuntan hacia adentro conectadas por una línea. Se utiliza para STS.
La opción de relieve es la opción más importante para controlar el aspecto de la imagen. Si está configurado
a falso (el número 0), entonces se permite que las características se superpongan. Si se establece en verdadero (el
número 1), las entidades se moverán verticalmente para evitar colisiones. Si no se especifica,
bump se activa si el número de cualquier tipo de función de secuencia es mayor que 50.
Datos Sección
La sección de datos puede seguir o continuar con la sección de configuración. Las dos secciones pueden
también se entremezclan. La sección de datos es un archivo delimitado por tabulaciones o espacios en blanco que puede
exportar desde una aplicación de hoja de cálculo o un archivo de procesador de texto (asegúrese de guardar como texto
¡solamente!)
Aquí hay una sección de datos de ejemplo:
Cósmido B0511. 516-619 Cósmido B0511. 3185-3294 Cósmido
B0511. 10946-11208 Cósmido B0511. 13126-13511 Cósmido
B0511. 66-208 Cósmido B0511. 6354-6499 Cósmido B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 Pescado sueco FGENESH "Gen
1 "- 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 Dominio transmembrana
FGENESH "Gene 2" - 16626-17396,17451-17597 Dominios de quinasa y sushi
Cada línea del archivo contiene cinco columnas. Las columnas son:
Columna # Descripción
-------------------
1 tipo de característica
2 nombre de la función
Hebra 3
4 coordenadas
5 descripción
Tipo de característica
El tipo de característica debe corresponder a uno de los títulos de [tipo de característica] en el
sección de configuración. Si no es así, las opciones [generales] se aplicarán al
característica al renderizarla. El nombre de la función es un nombre para la función. Utilizar una "." o
"-" si esto no es relevante. Si el nombre contiene espacios en blanco, ponga simple o doble
comillas ("") alrededor del nombre.
Strand
La hebra indica en qué hebra se encuentra la función. Es uno de "+" para el delantero
hebra, "-" para la hebra inversa, o "." para las características que no están varadas.
Coordenadas
La columna de coordenadas es un conjunto de uno o más rangos que ocupa la entidad.
Los rangos se escriben usando ".." como en start..stop, o con guiones, como en start-stop.
Para las funciones que se componen de varios rangos & em; por ejemplo transcripciones que
tienen múltiples exones & em; puede poner los rangos en la misma línea separados por
comas o espacios, o coloque los rangos en líneas individuales y simplemente use la misma función
nombre y escriba para agruparlos. En el ejemplo anterior, las funciones de Cosmid B0511 utilizan el
estilo de línea individual, mientras que las características de FGENESH utilizan todos los rangos en una línea
estilo.
Descripción
La última columna contiene algún texto descriptivo. Si la opción de descripción se establece en
Es cierto, este texto se imprimirá debajo de la función en el renderizado.
Por último, es posible agrupar funciones relacionadas. Un ejemplo son las tecnologías ecológicamente racionales
yk53c10.5 y yk53c10.3, que están relacionados por ser lecturas de los dos extremos del clon
yk53c10. Para indicar esta relación, genere una sección que tenga este aspecto:
EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800
El grupo está indicado por una línea que contiene solo dos columnas que contienen la característica
tipo y un nombre exclusivo para el grupo. Siga esta línea con todas las características que forman el
grupo, pero deje la primera columna (el tipo de función) en blanco. El grupo será renderizado por
trazando una línea discontinua entre todos los miembros del grupo. Puedes cambiar esto por
especificar una opción de conector diferente en la sección de configuración para esta función
tipo.
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