Este es el comando fuzznuce que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
fuzznuc: búsqueda de patrones en secuencias de nucleótidos
SINOPSIS
Fuzznuc -secuencia Seqall -patrón patrón -complemento booleano -archivo de salida reporte
Fuzznuc -ayuda
DESCRIPCIÓN
Fuzznuc es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del (los) grupo (s) de comando "Nucleic: Motifs".
CAMPUS
Entrada .
-secuencia Seqall
-patrón patrón
Se utilizan los códigos estándar de una letra de la IUPAC para los nucleótidos. El símbolo 'n' es
utilizado para una posición en la que se acepta cualquier nucleótido. Las ambigüedades se indican mediante
enumerando los nucleótidos aceptables para una posición determinada, entre paréntesis cuadrados '[
] '. Por ejemplo: [ACG] significa A o C o G. Las ambigüedades también se indican mediante
enumerando entre un par de llaves '{}' los nucleótidos que no se aceptan
en una posición determinada. Por ejemplo: {AG} representa cualquier nucleótido excepto A y G. Cada
El elemento de un patrón está separado de su vecino por un '-'. (Opcional en fuzznuc).
La repetición de un elemento del patrón se puede indicar siguiendo ese elemento
con un valor numérico o un rango numérico entre paréntesis. Ejemplos: N(3)
corresponde a NNN, N (2,4) corresponde a NN o NNN o NNNN. Cuando un patrón es
restringido al final de 5 'o 3' de una secuencia, ese patrón comienza con un
símbolo '<' o termina respectivamente con un símbolo '>'. Un período acaba con el patrón.
(Opcional en fuzznuc). Por ejemplo, [CG] (5) TG {A} N (1,5) C
Avanzado .
-complemento booleano
Valor predeterminado: N
Salida .
-archivo de salida reporte
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