Este es el comando gmod_gff3_preprocessor.plp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
$ 0: prepara un archivo GFF3 para la carga masiva en una base de datos de chado.
SINOPSIS
% gmod_gff_preprocessor [opciones] --gfffile
LÍNEA DE COMANDO CAMPUS
--gfffile El archivo que contiene GFF3 (opcional, puede leer
de stdin)
--outfile El nombre del kernel que se utilizará para nombrar los archivos de resultados.
--splitfile Divide los archivos en trozos más manejables, proporcionando
un argumento para controlar la división
--onlysplit Divida los archivos y luego salga (es decir, no los clasifique)
--nosplit No divide los archivos (es decir, solo ordena)
--hasrefseq Establezca esto si el archivo contiene una línea de secuencia de referencia
(Solo es necesario si no está dividiendo archivos)
--dbprofile Especifica un nombre de perfil gmod.conf (de lo contrario, use el predeterminado)
--inheritance_tiers ¿Cuántos niveles de herencia espera este archivo?
tener (predeterminado: 3)
DESCRIPCIÓN
splitfile: solo establecer este indicador en 1 hará que el archivo se divida por referencia
secuencia. Si proporciona un argumento opcional, se dividirá aún más de acuerdo con
estas reglas:
fuente = 1 Divide archivos de acuerdo con el valor en la columna fuente
source = a, b, c Pone líneas con fuentes que coinciden (mediante expresión regular)
'a', 'b' o 'c' en un archivo separado
type = a, b, c Pone líneas con tipos que coinciden con 'a', 'b' o 'c' en una
archivo separado
Por ejemplo, si desea que todos los resultados de su análisis vayan en un archivo separado,
podría indicar '--splitfile type = match', y todos los cDNA_match, EST_match y
Las características de cross_genome_match irían en archivos separados (separados por secuencia de referencia).
heritage_tiers: el número de niveles de herencia que tiene este archivo. Por ejemplo, si
el archivo tiene genes de "dogma central" (gen / ARNm / exón, polipéptido), luego tiene 3. Arriba
a 4 es compatible, pero cuanto más alto sea el número, más lentamente funcionará. Si no lo haces
sabes, 3 es una suposición razonable.
RÁPIDO secuencia
Si el archivo GFF3 contiene una secuencia FASTA al final, la secuencia se colocará en un
archivo separado con la extensión '.fasta'. Este archivo fasta se puede cargar por separado después
los archivos GFF3 divididos y / o ordenados se cargan, usando el comando:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
Utilice gmod_gff3_preprocessor.plp en línea utilizando los servicios de onworks.net
