Este es el comando gmod_make_cvtermpath.plp que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmod_make_cvtermpath.pl - calcula el cierre transitivo en los términos de ontología en el
tabla cvterm
USO
perl gmod_make_cvtermpath.pl -H [dbhost] -D [dbname] [-vt] -c cvname
perl gmod_make_cvtermpath.pl -g [GMODConf_perfil] -c cvname
parámetros
-c Nombre de la ontología (cv.name) para calcular el cierre transitivo. (Requerido)
-v Salida detallada
-t Modo de prueba. No realice ninguna operación de tienda en absoluto. (No se ha implementado)
-o archivo de salida para escribir errores y mensajes detallados (opcional)
-g Nombre del perfil de la base de datos GMOD (puede proporcionar el nombre del host y la base de datos) Predeterminado: 'predeterminado'
If no usando a GMOD base de datos perfiles (opción -gramo) luego Usted debe proporcionar las siguiendo
parámetros
-D Nombre de la base de datos
-H Nombre de host
-d Nombre del controlador de la base de datos (por ejemplo, 'Pg' para postgres)
-u [Opcional- si no se utiliza el usuario predeterminado] Nombre de usuario de la base de datos
-p [Opcional- si necesita una contraseña para conectarse a su base de datos] Contraseña para su usuario
para conectarse a la base de datos
DESCRIPCIÓN
Este script calcula el cierre transitivo de los términos de ontología en la tabla cvterm.
Como se trata de una operación intensiva desde el punto de vista computacional, hacerlo en un gran cv como el Gene
La ontología puede tardar varias horas. Para obtener más información sobre qué es un cierre transativo,
consulte:
http://www.geneontology.org/GO.database.shtml#grafos
Use gmod_make_cvtermpath.plp en línea usando los servicios de onworks.net
