gmx-angle: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gmx-angle - Calcula distribuciones y correlaciones para ángulos y diedros

SINOPSIS

ángulo gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-sobredosis [<.xvg>]]
[-ov [<.xvg>]] [-de [<.xvg>]] [-Antiguo Testamento [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]]
[-jefe [<.xvg>]] [-O [<.trr>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ahora] [-xvg ] [Tipo ]
[-[No todo] [-binwidth ] [- [no] periódico]
[- [no] chandler] [- [no] avercorr] [-acflen ]
[- [no] normalizar] [-P ] [-fitfn ]
[-comenzar ] [-ajuste final ]

DESCRIPCIÓN

GMX ángulo calcula la distribución de ángulos para varios ángulos o diedros.

Con la opción -ov, puede trazar el ángulo promedio de un grupo de ángulos en función de
tiempo. Con el -todas opción, el primer gráfico es el promedio y el resto son el individuo
anglos.

Con el -de opción, GMX ángulo también calcula la fracción de diédricos trans (solo para
diedros) en función del tiempo, pero esto probablemente solo sea divertido para unos pocos elegidos.

Con la opción -jefe, se calcula una función de correlación diedro.

Cabe señalar que el archivo de índice debe contener tripletes de átomos para ángulos o átomos
cuatrillizos para diedros. Si este no es el caso, el programa se bloqueará.

Con la opción -O, se descarga un archivo de trayectoria que contiene cos y sin del diedro seleccionado
ángulos, que posteriormente se pueden utilizar como entrada para un análisis de componentes principales utilizando
GMX covar.

Opción -Antiguo Testamento parcelas cuando ocurren transiciones entre rotámeros diedros de multiplicidad 3 y
-Oh registra un histograma de los tiempos entre dichas transiciones, asumiendo la entrada
Los cuadros de trayectoria están igualmente espaciados en el tiempo.

OPCIONES

Opciones para especificar archivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (ángulo.ndx)
Archivo de índice

Opciones para especificar archivos de salida:

-sobredosis [<.xvg>] (angdista.xvg)
archivo xvgr / xmgr

-ov [<.xvg>] (angaver.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-de [<.xvg>] (dihfrac.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-Antiguo Testamento [<.xvg>] (dihtrans.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-Oh [<.xvg>] (trhisto.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-jefe [<.xvg>] (dihcorr.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-O [<.trr>] (traj.trr) (Opcional)
Trayectoria en formato xdr portátil

Otras opciones

-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria

-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria

-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)

-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos

-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none

Tipo (ángulo)
Tipo de ángulo a analizar: ángulo, diedro, impropio, ryckaert-bellemans

-[No todo (no)
Trace todos los ángulos por separado en el archivo de promedios, en el orden de aparición en el
archivo de índice.

-binwidth (1)
binwidth (grados) para calcular la distribución

- [no] periódico (si)
Imprimir ángulos diedros módulo 360 grados

- [no] chandler (no)
Utilice la función de correlación de Chandler (N [trans] = 1, N [gauche] = 0) en lugar de coseno
función de correlación. Trans se define como phi <-60 o phi> 60.

- [no] avercorr (no)
Promedio de las funciones de correlación para los ángulos / diedros individuales

-acflen (-1)
Longitud del ACF, el valor predeterminado es la mitad del número de fotogramas.

- [no] normalizar (si)
Normalizar ACF

-P (0)
Orden del polinomio de Legendre para ACF (0 indica ninguno): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Ninguno)
Función de ajuste: ninguna, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-comenzar (0)
Momento donde comenzar el ajuste exponencial de la función de correlación

-ajuste final (-1)
Tiempo en el que finalizar el ajuste exponencial de la función de correlación, -1 es hasta que
final

CONOCIDO CUESTIONES

· El conteo de transiciones solo funciona para diedros con multiplicidad 3

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