Este es el comando gmx-bar que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-bar - Calcule estimaciones de diferencia de energía libre a través del índice de aceptación de Bennett
SINOPSIS
barra gmx [-f [<.xvg> [...]]] [-g [<.edr> [...]]] [-o [<.xvg>]]
[-oye [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]] [-[ahora] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-temperatura ] [-prec ]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-nbin ] [- [no] extp]
DESCRIPCIÓN
GMX de caramelos calcula estimaciones de diferencia de energía libre a través del índice de aceptación de Bennett
método (BAR). También agrega automáticamente series de energías libres individuales obtenidas con
BAR en una estimación combinada de energía libre.
Cada diferencia de energía libre de BAR individual se basa en dos simulaciones en diferentes estados:
digamos el estado A y el estado B, controlados por un parámetro, lambda (ver el .mdp parámetro
init_lambda). El método BAR calcula una relación de promedio ponderado del Hamiltoniano
diferencia del estado B dado el estado A y viceversa. Las diferencias de energía con el otro.
El estado debe calcularse explícitamente durante la simulación. Esto se puede hacer con el .mdp
opción Foreign_lambda.
Opción de entrada -f espera múltiples dhdl.xvg archivos. Se admiten dos tipos de archivos de entrada:
· Archivos con más de uno y-valor. Los archivos deben tener columnas con dH / dlambda y
Deltalambda. Los valores lambda se infieren de las leyendas: lambda del
simulación de la leyenda de dH / dlambda y los valores lambda externos de la
leyendas de Delta H
· Archivos con solo uno y-valor. Utilizando el -extp opción para estos archivos, se asume
que el y-valor es dH / dlambda y que el hamiltoniano depende linealmente de lambda.
El valor lambda de la simulación se infiere del subtítulo (si está presente),
de lo contrario, de un número en el subdirectorio del nombre del archivo.
La lambda de la simulación se analiza a partir de dhdl.xvg la leyenda del archivo que contiene la cadena
'dH', los valores lambda externos de la leyenda que contiene las letras en mayúscula 'D' y
'H'. La temperatura se analiza a partir de la línea de leyenda que contiene 'T ='.
La opción de entrada -g espera múltiples .edr archivos. Estos pueden contener listas de energía
diferencias (ver el .mdp opción archivo_dhdl_separado), o una serie de histogramas (consulte el
.mdp opciones dh_hist_size y dh_hist_espaciado). Los valores de temperatura y lambda son
deducido automáticamente de la ener.edr .
Además de la .mdp opción Foreign_lambda, la diferencia de energía también puede ser
extrapolado de los valores dH / dlambda. Esto se hace con la opción''-extp``, que
asume que el hamiltoniano del sistema depende linealmente de lambda, que normalmente no es
el caso.
Las estimaciones de energía libre se determinan mediante BAR con bisección, con la precisión de
la salida configurada con -prec. Una estimación de error teniendo en cuenta las correlaciones de tiempo es
hecho dividiendo los datos en bloques y determinando las diferencias de energía libre sobre
esos bloques y asumiendo que los bloques son independientes. La estimación final del error es
determinada a partir de la varianza promedio en 5 bloques. Un rango de números de bloque para error.
la estimación se puede proporcionar con las opciones -nbmin y -nbmax.
GMX de caramelos intenta agregar muestras con los mismos valores lambda 'nativos' y 'externos', pero
siempre asume muestras independientes. Nota: que al agregar energía
diferencias / derivadas con diferentes intervalos de muestreo, es casi seguro que esto no es
correcto. Por lo general, las energías posteriores están correlacionadas y los diferentes intervalos de tiempo significan
diferentes grados de correlación entre muestras.
Los resultados se dividen en dos partes: la última parte contiene los resultados finales en kJ / mol,
junto con la estimación del error para cada parte y el total. La primera parte contiene
estimaciones detalladas de diferencia de energía libre y medidas de superposición de espacio de fase en unidades de kT
(junto con su estimación de error calculada). Los valores impresos son:
· Lam_A: los valores lambda para el punto A.
· Lam_B: los valores lambda para el punto B.
· DG: la estimación de energía libre.
· S_A: una estimación de la entropía relativa de B en A.
· S_B: una estimación de la entropía relativa de A en B.
· Stdev: una estimación de la desviación estándar esperada por muestra.
La entropía relativa de ambos estados en el conjunto del otro se puede interpretar como una
medida de la superposición del espacio de fase: la entropía relativa s_A de las muestras de trabajo de lambda_B
en el conjunto de lambda_A (y viceversa para s_B), es una medida de la 'distancia'
entre distribuciones de Boltzmann de los dos estados, que va a cero para idénticos
distribuciones. Véase Wu y Kofke, J. Chem. Phys. 123 084109 (2005) para obtener más información.
La estimación de la desviación estándar esperada por muestra, como se indica en la versión original de Bennett.
Papel BAR: Bennett, J. Comp. Phys. 22, pág. 245 (1976). Eq. 10 en él da una estimación de
la calidad del muestreo (no directamente del error estadístico real, porque asume
muestras independientes).
Para obtener una estimación visual de la superposición del espacio de fase, utilice el -Oh opción de escribir series de
histogramas, junto con el -nbin .
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xvg> [...]] (dhdl.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-g [<.edr> [...]] (ener.edr) (Opcional)
Archivo de energía
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (barra.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-oye [<.xvg>] (barint.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-Oh [<.xvg>] (histograma.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
-b (0)
Hora de inicio de BAR
-e (-1)
Hora de finalización de BAR
-temperatura (-1)
Temperatura (K)
-prec (2)
El número de dígitos después del punto decimal.
-nbmin (5)
Número mínimo de bloques para la estimación de errores
-nbmax (5)
Número máximo de bloques para la estimación de errores
-nbin (100)
Número de contenedores para la salida del histograma
- [no] extp (no)
Ya sea para extrapolar linealmente los valores dH / dl para usarlos como energías
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