Este es el comando gmx-confrms que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-confrms: ajusta dos estructuras y calcula el RMSD
SINOPSIS
gmx confirma [-f1 [<.tpr / .gro / ...>]] [-f2 [<.gro / .g96 / ...>]]
[-N1 [<.ndx>]] [-N2 [<.ndx>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]]
[-No [<.ndx>]] [-[ahora] [-[nadie] [- [no] mw] [- [no] pbc]
[-[no entra] [-[sin nombre] [-[sin etiqueta] [- [no] bfac]
DESCRIPCIÓN
GMX confirma calcula la desviación cuadrática media (RMSD) de dos estructuras después
mínimos cuadrados que encajan la segunda estructura en la primera. Las dos estructuras NO
deben tener el mismo número de átomos, solo los dos grupos de índices utilizados para el ajuste deben
ser idéntico. Con -nombre solo se usarán los nombres de átomos coincidentes de los grupos seleccionados
para el ajuste y el cálculo de RMSD. Esto puede resultar útil al comparar mutantes de una proteína.
Las estructuras superpuestas se escriben en un archivo. en un .pdb archivo las dos estructuras serán
escrito como modelos separados (use rasmol -nmrpdb). También en un .pdb archivo, factores B calculados
de los valores atómicos de MSD se pueden escribir con -bfac.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f1 [<.tpr / .gro / ...>] (conf1.gro)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-f2 [<.gro / .g96 / ...>] (conf2.gro)
Archivo de estructura: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-N1 [<.ndx>] (ajuste1.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
-N2 [<.ndx>] (ajuste2.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.gro / .g96 / ...>] (fit.pdb)
Archivo de estructura: gro g96 pdb brk ent esp
-No [<.ndx>] (coincidencia.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Otras opciones
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-[nadie (no)
Solo escriba la estructura ajustada en el archivo
- [no] mw (si)
Adaptación ponderada en masa y RMSD
- [no] pbc (no)
Intenta hacer que las moléculas vuelvan a estar completas
-[no entra (si)
Superposición de mínimos cuadrados de la estructura de destino a la referencia
-[sin nombre (no)
Compare solo los nombres de átomos coincidentes
-[sin etiqueta (no)
Se agregaron etiquetas de cadena A para la primera y B para la segunda estructura
- [no] bfac (no)
Factores B de salida a partir de valores atómicos de MSD
Use gmx-confrms en línea usando los servicios de onworks.net
