Este es el comando gmx-convert-tpr que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-convert-tpr - Crea un archivo de entrada de ejecución modificado
SINOPSIS
gmx convertir-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-ampliar ]
[-Hasta que ] [-pasos ] [-hora ]
[- [no] zeroq] [-[novela] [- [no] cont]
[-init_fep_estado ]
DESCRIPCIÓN
GMX convertir-tpr puede editar los archivos de entrada de ejecución de cuatro formas.
1. modificando el número de pasos en un archivo de entrada de ejecución con opciones -ampliar, -Hasta que or
-pasos (nsteps = -1 significa un número ilimitado de pasos)
2. (OBSOLETO) creando un archivo de entrada de ejecución para una ejecución de continuación cuando su simulación haya
se bloqueó debido, por ejemplo, a un disco lleno o al hacer un archivo de entrada de ejecución de continuación. Esta opción
es obsoleto, ya que mdrun ahora escribe y lee archivos de puntos de control. Note que un marco con
Se necesitan coordenadas y velocidades. Cuando la presión y / o la temperatura de la aspiradora
Se utiliza el acoplamiento, se puede suministrar un archivo de energía para obtener una continuación exacta de la
ejecución original.
3. creando un archivo .tpx para un subconjunto de su archivo tpx original, que es útil cuando
desea eliminar el solvente de su archivo .tpx, o cuando desea hacer, por ejemplo, un puro
Archivo .tpx de Calpha. Tenga en cuenta que es posible que deba utilizar -pasos -1 (o similar) para conseguir esto
y su trabajo. ADVERTENCIA: así .tpx presentar is no completamente funcional.
4. estableciendo los cargos de un grupo específico a cero. Esto es útil cuando se hace gratis
estimaciones de energía utilizando el método LIE (Energía de interacción lineal).
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil
-f [<.trr / .cpt / ...>] (traj.trr) (Opcional)
Trayectoria de precisión total: trr CPT tng
-e [<.edr>] (ener.edr) (Opcional)
Archivo de energía
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil
Otras opciones
-ampliar (0)
Extienda el tiempo de ejecución en esta cantidad (ps)
-Hasta que (0)
Extienda el tiempo de ejecución hasta esta hora de finalización (ps)
-pasos (0)
Cambiar el número de pasos
-hora (-1)
Continuar desde el fotograma en este momento (ps) en lugar del último fotograma
- [no] zeroq (no)
Establecer los cargos de un grupo (desde el índice) a cero
-[novela (si)
Requerir velocidades de trayectoria
- [no] cont (si)
Para una continuación exacta, las restricciones no deben aplicarse antes del primer paso.
-init_fep_estado (0)
estado fep desde el que inicializar
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