Este es el comando gmx-covar que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-covar - Calcula y diagonaliza la matriz de covarianza
SINOPSIS
covar gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-AV [<.gro / .g96 / ...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpm [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [tu ] [-xvg ] [-[no entra]
[- [no] ref] [- [no] mwa] [-último ] [- [no] pbc]
DESCRIPCIÓN
GMX covar calcula y diagonaliza la matriz de covarianza (ponderada en masa). Todos
las estructuras se ajustan a la estructura en el archivo de estructura. Cuando esto no es una carrera
La periodicidad del archivo de entrada no se tendrá en cuenta. Cuando los grupos de ajuste y análisis
son idénticos y el análisis no está ponderado en masa, el ajuste tampoco será
ponderado en masa.
Los vectores propios se escriben en un archivo de trayectoria (-v). Cuando se utilizan los mismos átomos para
el ajuste y el análisis de covarianza, la estructura de referencia para el ajuste se escribe primero
con t = -1. El promedio (o referencia cuando -árbitro se utiliza) la estructura se escribe con t = 0,
los autovectores se escriben como marcos con el número de autovector como marca de tiempo.
Los autovectores se pueden analizar con GMX Anaeig.
Optión -ascii escribe la matriz de covarianza completa en un archivo ASCII. El orden del
elementos es: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
Optión -xpm escribe toda la matriz de covarianza en un .xpm archivo.
Optión -xpm escribe la matriz de covarianza atómica en un .xpm archivo, es decir, para cada par de átomos
se escribe la suma de las covarianzas xx, yy y zz.
Tenga en cuenta que la diagonalización de una matriz requiere memoria y tiempo que aumentarán en
al menos tan rápido como el cuadrado del número de átomos involucrados. Es fácil quedarse sin
memoria, en cuyo caso esta herramienta probablemente saldrá con un 'Fallo de segmentación'. Debería
considere cuidadosamente si un conjunto reducido de átomos satisfará sus necesidades a un costo más bajo.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (valor propio.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Trayectoria de precisión total: trr CPT tng
-AV [<.gro / .g96 / ...>] (promedio.pdb)
Archivo de estructura: gro g96 pdb brk ent esp
-l [<.log>] (covar.log)
Archivo de registro
-ascii [<.dat>] (covar.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos
-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
-xpm [<.xpm>] (covara.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
tu (PD)
Unidad para valores de tiempo: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
-[no entra (si)
Ajustar a una estructura de referencia
- [no] ref (no)
Utilice la desviación de la conformación en el archivo de estructura en lugar de la
promedio
- [no] mwa (no)
Análisis de covarianza ponderado en masa
-último (-1)
Último vector propio para escribir (-1 es hasta el último)
- [no] pbc (si)
Aplicar correcciones para condiciones de contorno periódicas
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