Este es el comando gmx-densmap que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-densmap - Calcule mapas de densidad 2D planos o axiales-radiales
SINOPSIS
densmap gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-sobredosis [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ahora] [-compartimiento ] [-afirmar ]
[-xmín ] [-xmax ] [-N1 ] [-N2 ]
[-amax ] [-rmax ] [- [no] espejo] [- [no] sumas]
[-unidad ] [-dmin ] [-dmax ]
DESCRIPCIÓN
GMX mapa denso calcula mapas de densidad numérica en 2D. Puede hacer densidad plana y axial-radial.
mapas. La salida .xpm El archivo se puede visualizar con, por ejemplo, xv y se puede convertir a
posdata con xpm2ps. Opcionalmente, la salida puede ser en forma de texto a un .dat archivo con -sobredosis,
en lugar de lo habitual .xpm archivo con -o.
El análisis predeterminado es un mapa de densidad numérica 2-D para un grupo seleccionado de átomos en el xy
plano. La dirección de promediado se puede cambiar con la opción -afirmar. Cuando el -xmín y/o
-xmax se establecen solo se toman los átomos que están dentro del límite (s) en la dirección de promediado
en cuenta. El espaciado de la cuadrícula se establece con la opción -compartimiento. Cuando el -N1 or -N2 es distinto de cero,
el tamaño de la cuadrícula se establece con esta opción. Las fluctuaciones del tamaño de la caja se toman debidamente en cuenta
cuenta.
Cuando las opciones -amax y -rmax se establecen, se hace un mapa de densidad numérica axial-radial. Tres
los grupos deben ser suministrados, los centros de masa de los dos primeros grupos definen el eje,
el tercero define el grupo de análisis. La dirección axial va de -amax a + amax, donde
el centro se define como el punto medio entre los centros de masa y el positivo
La dirección va del primer al segundo centro de masa. La dirección radial va
de 0 a rmax o de -rmax a + rmax cuando el -espejo se ha establecido la opción.
La normalización de la salida se establece con el -unidad opción. El valor predeterminado produce un verdadero
densidad numérica. Unidad nm-2 omite la normalización para el promedio o el angular
dirección. Opción contar produce el recuento de cada celda de la cuadrícula. Cuando no quieres el
escala en la salida para ir de cero a la densidad máxima, puede establecer el máximo con
la opción -dmax.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-sobredosis [<.dat>] (densmap.dat) (Opcional)
Archivo de datos genéricos
-o [<.xpm>] (densmap.xpm)
Archivo de matriz compatible con X PixMap
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-compartimiento (0.02)
Tamaño de la cuadrícula (nm)
-afirmar (z)
La dirección para promediar sobre: z, y, x
-xmín (-1)
Coordenada mínima para promediar
-xmax (-1)
Coordenada máxima para promediar
-N1 (0)
Número de celdas de la cuadrícula en la primera dirección
-N2 (0)
Número de celdas de la cuadrícula en la segunda dirección
-amax (0)
Distancia axial máxima desde el centro
-rmax (0)
Distancia radial máxima
- [no] espejo (no)
Agregue la imagen de espejo debajo del eje axial
- [no] sumas (no)
Imprimir sumas de densidad (mapa 1D) a la salida estándar
-unidad (nm-3)
Unidad para la salida: nm-3, nm-2, count
-dmin (0)
Densidad mínima en salida
-dmax (0)
Densidad máxima en la salida (0 significa calcularla)
Utilice gmx-densmap en línea utilizando los servicios de onworks.net
