Este es el comando gmx-helix que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-helix - Calcular las propiedades básicas de las hélices alfa
SINOPSIS
hélice gmx [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]]
[-cz [<.gro / .g96 / ...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ahora] [-r0 ] [- [no] q] [- [no] F]
[- [no] db] [- [no] ev] [-ahxinicio ] [-ahxfin ]
DESCRIPCIÓN
GMX hélice calcula todo tipo de propiedades de hélice. Primero, se comprueba el péptido para encontrar
la parte helicoidal más larga, determinada por enlaces de hidrógeno y ángulos phi / psi. Esa parte es
encajado en una hélice ideal alrededor de la z-eje y centrado alrededor del origen. Entonces el
se calculan las siguientes propiedades:
· Radio de hélice (archivo radio.xvg). Esta es simplemente la desviación RMS en dos dimensiones.
para todos los átomos de Calpha. se calcula como sqrt ((sum_i (x ^ 2 (i) + y ^ 2 (i))) / N) donde N es
el número de átomos de la columna vertebral. Para una hélice ideal, el radio es de 0.23 nm.
· Twist (archivo giro.xvg). Se calcula el ángulo helicoidal medio por residuo. Por un
hélice alfa es de 100 grados, para 3-10 hélices será más pequeño, y para 5 hélices
será más grande.
· Subida por residuo (archivo subida.xvg). El aumento helicoidal por residuo se representa como el
diferencia en z-coordinado entre átomos de Calpha. Para una hélice ideal, esto es 0.15 nm.
· Longitud total de la hélice (archivo len-ahx.xvg). La longitud total de la hélice en nm. Este es
simplemente el aumento promedio (ver arriba) multiplicado por el número de residuos helicoidales (ver abajo).
· Dipolo helicoidal, solo columna vertebral (archivo dip-ahx.xvg).
· Desviación RMS de la hélice ideal, calculada solo para los átomos de Calpha (archivo
rms-ahx.xvg).
· Ángulo diedro Calpha medio - Calpha (archivo phi-ahx.xvg).
· Ángulos phi y psi promedio (archivo phipsi.xvg).
· Elipticidad a 222 nm según Hirst y Brooks.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil
-n [<.ndx>] (índice.ndx)
Archivo de índice
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
Opciones para especificar archivos de salida:
-cz [<.gro / .g96 / ...>] (zconf.gro)
Archivo de estructura: gro g96 pdb brk ent esp
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-r0 (1)
El primer número de residuo en la secuencia
- [no] q (no)
Compruebe en cada paso qué parte de la secuencia es helicoidal
- [no] F (si)
Alternar ajuste a una hélice perfecta
- [no] db (no)
Imprimir información de depuración
- [no] ev (no)
Escriba un nuevo archivo de 'trayectoria' para la disfunción eréctil
-ahxinicio (0)
Primer residuo en hélice
-ahxfin (0)
Último residuo en hélice
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