Este es el comando gmx-helixorient que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-helixorient - Calcular el paso / flexión / rotación / orientación local dentro de las hélices
SINOPSIS
hélice gmx [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oeje [<.dat>]] [-centro [<.dat>]] [-orise [<.xvg>]]
[-oradio [<.xvg>]] [-otorsión [<.xvg>]]
[-obediente [<.xvg>]] [-inclinación [<.xvg>]] [-orot [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-xvg ]
[- [no] cadena lateral] [- [no] incremental]
DESCRIPCIÓN
GMX héliceorientar calcula las coordenadas y la dirección del eje promedio dentro de un
hélice alfa, y la dirección / vectores de Calpha y (opcionalmente) una cadena lateral
átomo relativo al eje.
Como entrada, debe especificar un grupo de índice con átomos de Calpha correspondientes a un
hélice alfa de residuos continuos. Las direcciones de la cadena lateral requieren un segundo grupo de índice de
del mismo tamaño, que contiene el átomo pesado en cada residuo que debe representar el
cadena lateral.
Note que este programa no hace ningún ajuste de estructuras.
Necesitamos cuatro coordenadas de Calpha para definir la dirección local del eje de la hélice.
La inclinación / rotación se calcula a partir de las rotaciones de Euler, donde definimos el eje de la hélice como
El local x-eje, el vector residuos / Calpha como y, y la z-eje de su cruz
producto. Usamos la rotación Euler YZX, lo que significa que primero inclinamos el eje de la hélice (1) alrededor
y (2) ortogonal al vector de residuos, y finalmente aplicar la rotación (3) a su alrededor.
Para depuración u otros propósitos, también escribimos los ángulos de rotación de Euler reales como
theta [1-3] .xvg
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-oeje [<.dat>] (helixaxis.dat)
Archivo de datos genéricos
-centro [<.dat>] (centro.dat)
Archivo de datos genéricos
-orise [<.xvg>] (subida.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-oradio [<.xvg>] (radio.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-otorsión [<.xvg>] (giro.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-obediente [<.xvg>] (doblando.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-inclinación [<.xvg>] (inclinación.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-orot [<.xvg>] (rotación.xvg)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
- [no] cadena lateral (no)
Calcule también las direcciones de la cadena lateral en relación con el eje de la hélice.
- [no] incremental (no)
Calcule la rotación / inclinación incremental en lugar de total.
Use gmx-helixorient en línea usando los servicios de onworks.net