gmx-make_edi: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gmx-make_edi: genera archivos de entrada para el muestreo de dinámica esencial

SINOPSIS

gmx hacer_edi [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-eig [<.xvg>]]
[-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-alquitrán [<.gro / .g96 / ...>]] [-o yo [<.gro / .g96 / ...>]]
[-o [<.edi>]] [-xvg ] [-Lun ]
[-linfix ] [-linacc ] [-radfix ]
[-radacc ] [-radcon ] [-inundar ]
[-outfrq ] [-Pendiente ] [-paso ]
[-accdir ] [-radstep ] [-maxedspasos ]
[-eqpasos ] [-deltaF0 ] [-deltaF ]
[-tau ] [-Eflnulo ] [-T ]
[-alfa ] [- [no] frenar] [- [no] arpillera]
[- [no] armónico] [-constF ]

DESCRIPCIÓN

GMX hacer_edi genera un archivo de entrada de muestreo de dinámica esencial (ED) para ser utilizado con
mdrun basado en vectores propios de una matriz de covarianza (GMX covar) o de un modo normal
análisis (GMX nmeig). El muestreo ED se puede utilizar para manipular la posición a lo largo del colectivo.
coordenadas (vectores propios) de macromoléculas (biológicas) durante una simulación.
En particular, se puede utilizar para mejorar la eficiencia de muestreo de las simulaciones MD mediante
estimular el sistema para explorar nuevas regiones a lo largo de estas coordenadas colectivas. Un número
de diferentes algoritmos se implementan para impulsar el sistema a lo largo de los autovectores
(-linfix, -linacc, -radfix, -radacc, -radcon), para mantener la posición a lo largo de un determinado (establecer
de) coordenada (s) fija (-linfix), o solo monitorear las proyecciones de las posiciones
en estas coordenadas (-Lun).

Referencias:

A. Amadei, ABM Linssen, BL de Groot, DMF van Aalten y HJC Berendsen; Un
método eficiente para muestrear el subespacio esencial de proteínas., J. Biomol. Struct. Dyn.
13: 615-626 (1996)

BL de Groot, A. Amadei, DMF van Aalten y HJC Berendsen; Hacia un exhaustivo
muestreo de los espacios configuracionales de las dos formas de la hormona peptídica guanilina,
J. Biomol. Struct. Dyn. 13: 741-751 (1996)

BL de Groot, A. Amadei, RM Scheek, NAJ van Nuland y HJC Berendsen; Un extendido
muestreo del espacio configuracional de HPr de E. coli Proteins: Struct. Funct. Gen.
26: 314-322 (1996)

Se le solicitará uno o más grupos de índices que correspondan a los vectores propios,
estructura de referencia, posiciones de destino, etc.

-Lun: monitorea las proyecciones de las coordenadas en los autovectores seleccionados.

-linfix: realiza una expansión lineal de pasos fijos a lo largo de los autovectores seleccionados.

-linacc: realiza la expansión lineal de aceptación a lo largo de los autovectores seleccionados. (pasos en el
las direcciones deseadas serán aceptadas, otras serán rechazadas).

-radfix: realiza una expansión de radio de paso fijo a lo largo de los autovectores seleccionados.

-radacc: realiza la expansión del radio de aceptación a lo largo de los autovectores seleccionados. (pasos en el
la dirección deseada será aceptada, otras serán rechazadas). Nota: por defecto el
La estructura MD inicial se tomará como origen del primer ciclo de expansión para el radio.
expansión. Si -o yo se especifica, podrá leer en un archivo de estructura que define
un origen externo.

-radcon: realizar la contracción del radio de aceptación a lo largo de los autovectores seleccionados hacia un
estructura de destino especificada con -alquitrán.

NOTA: cada vector propio se puede seleccionar solo una vez.

-outfrq: frecuencia (en pasos) de escribir proyecciones, etc. .xvg presentar

-Pendiente: pendiente mínima en la expansión del radio de aceptación. Un nuevo ciclo de expansión será
comenzó si el aumento espontáneo del radio (en nm / paso) es menor que el valor
especificado.

-maxedspasos: número máximo de pasos por ciclo en expansión de radio antes de un nuevo ciclo
comenzado.

Nota sobre la implementación paralela: dado que el muestreo de ED es una cosa 'global' (colectivo
coordenadas, etc.), al menos en el lado de las 'proteínas', el muestreo de ED no es muy
compatible con el paralelo desde el punto de vista de la implementación. Debido a que la ED paralela requiere
comunicación adicional, espere que el rendimiento sea menor como en una simulación MD gratuita,
especialmente en un gran número de rangos y / o cuando el grupo ED contiene muchos átomos.

Tenga en cuenta también que si su grupo de disfunción eréctil contiene más de una proteína, entonces el .tpr
El archivo debe contener la representación PBC correcta del grupo ED. Eche un vistazo a la
RMSD inicial de la estructura de referencia, que se imprime al comienzo de la
simulación; si es mucho más alto de lo esperado, una de las moléculas de DE podría desplazarse
por un vector de caja.

Toda la salida relacionada con ED de mdrun (especificar con -eo) está escrito en un .xvg archivo como una función
de tiempo en intervalos de pasos OUTFRQ.

Note que puede imponer múltiples restricciones ED y potenciales de inundación en una sola
simulación (en diferentes moléculas) si varias .edi los archivos se concatenaron primero. los
Las restricciones se aplican en el orden en que aparecen en la .edi expediente. Dependiendo de lo que fue
especificado en el .edi archivo de entrada, el archivo de salida contiene para cada conjunto de datos ED

· El RMSD de la molécula ajustada a la estructura de referencia (para los átomos involucrados en
ajuste antes de calcular las restricciones ED)

· Proyecciones de las posiciones sobre autovectores seleccionados

INUNDACIÓN:

-inundar, puede especificar qué autovectores se utilizan para calcular un potencial de inundación,
lo que conducirá a fuerzas adicionales que expulsarán la estructura de la región descrita por el
Matriz de covarianza. Si cambia -restrain, el potencial se invierte y la estructura es
mantenido en esa región.

El origen es normalmente la estructura media almacenada en el eigvec.trr expediente. Puede ser
cambiado con -o yo a una posición arbitraria en el espacio de configuración. Con -tau, -deltaF0,
y -Eflnulo controlas el comportamiento de las inundaciones. Efl es la fuerza de la inundación, es
actualizado de acuerdo con la regla de inundación adaptativa. Tau es la constante de tiempo de adaptativo
inundaciones, tau alto significa adaptación lenta (es decir, crecimiento). DeltaF0 es la fuerza de las inundaciones
desea alcanzar después de tau ps de simulación. Para usar un conjunto Efl constante -tau a cero.

-alfa es un parámetro fudge para controlar el ancho del potencial de inundación. Un valor de 2
se ha encontrado que da buenos resultados para la mayoría de los casos estándar en la inundación de proteínas.
alfa básicamente explica el muestreo incompleto, si se muestreó más el ancho de la
conjunto aumentaría, esto es imitado por alfa> 1. Para restringir, alfa <1 puede
le dará un ancho más pequeño en el potencial de restricción.

REINICIO e INUNDACIÓN: si desea reiniciar una simulación de inundación accidentada, busque el
valores deltaF y Efl en el archivo de salida y ponerlos manualmente en el .edi archivar bajo
DELTA_F0 y EFL_NULL.

CAMPUS

Opciones para especificar archivos de entrada:

-f [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Trayectoria de precisión total: trr CPT tng

-eig [<.xvg>] (valor propio.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice

-alquitrán [<.gro / .g96 / ...>] (objetivo.gro) (Opcional)
Archivo de estructura: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-o yo [<.gro / .g96 / ...>] (origen.gro) (Opcional)
Archivo de estructura: gro g96 pdb brk ent esp tpr

Opciones para especificar archivos de salida:

-o [<.edi>] (sam.edi)
Entrada de muestreo ED

Otras opciones

-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none

-Lun
Índices de autovectores para proyecciones de x (por ejemplo, 1,2, 5,9, 1, 100) o 10-1: 11 significa XNUMX XNUMX
21 31 ... 91

-linfix
Índices de vectores propios para muestreo lineal de incremento fijo

-linacc
Índices de vectores propios para muestreo lineal de aceptación

-radfix
Índices de vectores propios para expansión de radio de incremento fijo

-radacc
Índices de vectores propios para la expansión del radio de aceptación

-radcon
Índices de vectores propios para la contracción del radio de aceptación

-inundar
Índices de autovectores para inundaciones

-outfrq (100)
Frecuencia (en pasos) de la salida de escritura en .xvg presentar

-Pendiente (0)
Pendiente mínima en la expansión del radio de aceptación

-paso
Tamaños de pasos (nm / paso) para muestreo lineal de incremento fijo (¡entre comillas! "1.0 2.3
5.1 -3.1 ")

-accdir
Instrucciones para el muestreo lineal de aceptación: ¡solo cuenta la señal! (¡entre comillas! "-1
+1 -1.1 ")

-radstep (0)
Stepsize (nm / step) para expansión de radio de incremento fijo

-maxedspasos (0)
Número máximo de pasos por ciclo

-eqpasos (0)
Número de pasos a ejecutar sin perturbaciones

-deltaF0 (150)
Objetivo de energía de desestabilización para inundaciones

-deltaF (0)
Inicie deltaF con este parámetro: valor predeterminado 0, los valores distintos de cero solo se necesitan para
reanudar

-tau (0.1)
Constante de acoplamiento para la adaptación de la resistencia a la inundación según deltaF0, 0 =
infinito, es decir, fuerza de inundación constante

-Eflnulo (0)
El valor inicial de la fuerza de inundación. La fuerza de la inundación se actualiza
según el esquema de inundación adaptativo. Para un uso constante de la fuerza de inundación
-tau 0.

-T (300)
T es la temperatura, el valor es necesario si desea hacer una inundación

-alfa (1)
Ancho de escala del potencial de inundación gaussiano con alfa ^ 2

- [no] frenar (no)
Utilice el potencial de inundación con signo invertido -> efectos como cuasi-armónicos
potencial de restricción

- [no] arpillera (no)
Los autovectores y autovalores provienen de una matriz de Hesse.

- [no] armónico (no)
Los valores propios se interpretan como constante de resorte

-constF
Inundación de fuerza constante: establezca manualmente las fuerzas para los autovectores seleccionados con
-inundación (entre comillas! "1.0 2.3 5.1 -3.1"). No se necesitan otros parámetros de inundación
al especificar las fuerzas directamente.

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