gmx-mdmat: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gmx-mdmat - Calcular mapas de contacto de residuos

SINOPSIS

gmx mdmat [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-media [<.xpm>]] [-marcos [<.xpm>]] [-No [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-xvg ]
[-t ] [-niveles ]

DESCRIPCIÓN

GMX mdmat hace matrices de distancia que consisten en la distancia más pequeña entre residuos
pares. Con -marcos, estas matrices de distancia se pueden almacenar para ver diferencias en
estructura terciaria en función del tiempo. Si elige sus opciones imprudentemente, esto puede
generar un archivo de salida grande. De forma predeterminada, solo una matriz promediada sobre el conjunto
la trayectoria es la salida. También un recuento del número de contactos atómicos diferentes entre
Pueden formarse residuos a lo largo de toda la trayectoria. La salida se puede procesar con GMX
xpm2ps para hacer un gráfico PostScript (tm).

CAMPUS

Opciones para especificar archivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice

Opciones para especificar archivos de salida:

-media [<.xpm>] (dm.xpm)
Archivo de matriz compatible con X PixMap

-marcos [<.xpm>] (dmf.xpm) (Opcional)
Archivo de matriz compatible con X PixMap

-No [<.xvg>] (núm.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr

Otras opciones

-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria

-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria

-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)

-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none

-t (1.5)
distancia del tronco

-niveles (40)
Discretiza la distancia en este número de niveles

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