Este es el comando gmx-nmtraj que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-nmtraj: genera una trayectoria oscilante virtual a partir de un vector propio
SINOPSIS
gmx nmtraj [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-v [<.trr / .cpt / ...>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...>]] [-extranjero ]
[-etapas ] [-temperatura ] [-amplitud ]
[-nframes ]
DESCRIPCIÓN
GMX nmtraj genera una trayectoria virtual a partir de un vector propio, correspondiente a un
oscilación cartesiana armónica alrededor de la estructura media. Los vectores propios deben
normalmente se ponderan en masa, pero puede utilizar vectores propios no ponderados para generar
movimientos ortogonales. Los fotogramas de salida se escriben como un archivo de trayectoria que cubre un
período, y el primer cuadro es la estructura promedio. Si escribe la trayectoria en (o
convertir a) formato PDB, puede verlo directamente en PyMol y también renderizar un formato fotorrealista
película. Las amplitudes de movimiento se calculan a partir de los valores propios y una temperatura preestablecida,
asumiendo la equipartición de la energía en todos los modos. Para que el movimiento sea claramente visible en
PyMol, es posible que desee amplificarlo estableciendo una temperatura irrealmente alta.
Sin embargo, tenga en cuenta que tanto los desplazamientos cartesianos lineales como la ponderación de masa
conducir a una deformación seria de la estructura para grandes amplitudes; esto es simplemente una limitación
del modelo cartesiano de modo normal. De forma predeterminada, el vector propio seleccionado se establece en 7, ya que
los primeros seis modos normales son los grados de libertad de traslación y rotación.
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Trayectoria de precisión total: trr CPT tng
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xtc / .trr / ...>] (nmtraj.xtc)
Trayectoria: xtc trr gro g96 pdb tng
Otras opciones
-extranjero (7)
Cadena de vectores propios para usar (el primero es 1)
-etapas (0.0)
Cadena de fases (el valor predeterminado es 0.0)
-temperatura (300)
Temperatura (K)
-amplitud (0.25)
Amplitud para modos con valor propio <= 0
-nframes (30)
Número de fotogramas a generar
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