Este es el comando gmx-pairdist que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-pairdist: calcula distancias por pares entre grupos de posiciones
SINOPSIS
pairdist gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[tu ] [-xvg ] [- [no] rmpbc] [- [no] pbc]
[-sf ] [-selrpos ] [-seltipo ]
[-cortar ] [Tipo ] [-refagrupación ]
[-segrupo ] [-árbitro ]
[-sal ]
DESCRIPCIÓN
GMX emparejador calcula distancias por pares entre una selección de referencia (dada con
-árbitro) y una o más selecciones (dadas con -sal). Puede calcular el
distancia mínima (por defecto), o la distancia máxima (con Tipo max). Distancias a
cada selección provista de -sal se calculan de forma independiente.
De forma predeterminada, se calcula la distancia global mínima / máxima. Para calcular más distancias
(p. ej., distancias mínimas a cada residuo en -árbitro), utilizar -refagrupación y/o -segrupo a
especificar cómo se deben agrupar las posiciones dentro de cada selección.
Las distancias calculadas se escriben en el archivo especificado con -o. Si hay N grupos en
-árbitro y M grupos en la primera selección en -sal, entonces la salida contiene N * M columnas para
la primera selección. Las columnas contienen distancias como esta: r1-s1, r2-s1, ..., r1-s2,
r2-s2, ..., donde rn es el n-ésimo grupo en -árbitro y sn es el n-ésimo grupo en el otro
selección. Las distancias para la segunda selección vienen como columnas separadas después de la
primera selección, y así sucesivamente. Si algunas selecciones son dinámicas, solo las posiciones seleccionadas
se utilizan en el cálculo, pero siempre se escribe el mismo número de columnas. Si
no hay posiciones que contribuyan a algún par de grupos, entonces se escribe el valor de corte
(vea abajo).
-cortar establece un límite para las distancias calculadas. Si el resultado contendría una distancia
sobre el límite, el valor límite se escribe en el archivo de salida. Por defecto, no
se utiliza el límite, pero si no está interesado en valores más allá de un límite, o si sabe
que la distancia mínima es menor que un corte, debe configurar esta opción para permitir
la herramienta para utilizar la búsqueda basada en cuadrículas y ser significativamente más rápida.
Si desea calcular distancias entre pares fijos, GMX distancia puede ser un mas adecuado
.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Opcional)
Trayectoria de entrada o configuración única: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estructura de entrada: tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Grupos de índice adicionales
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (dist.xvg)
Distancias en función del tiempo
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Solo use el marco si t MOD dt == primera vez (ps)
tu (PD)
Unidad para valores de tiempo: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmggracia)
Formato de trazado: ninguno, xmgrace, xmgr
- [no] rmpbc (si)
Completa las moléculas para cada cuadro.
- [no] pbc (si)
Utilice condiciones de contorno periódicas para el cálculo de la distancia
-sf
Proporcionar selecciones de archivos
-selrpos (átomo)
Posiciones de referencia de selección: átomo, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, Part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-seltipo (átomo)
Posiciones de salida de selección predeterminadas: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, Part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-cortar (0)
Distancia máxima a considerar
Tipo (minutos)
Tipo de distancias a calcular: min, max
-refagrupación (todos)
Agrupación de posiciones -ref para calcular el mínimo / máximo sobre: todo, res, mol, ninguno
-segrupo (todos)
Agrupación de posiciones -sel para calcular el mínimo / máximo sobre: todo, res, mol, ninguno
-árbitro
Posiciones de referencia para calcular distancias desde
-sal
Posiciones para calcular distancias para
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