Este es el comando gmx-polystat que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-polystat - Calcular propiedades estáticas de polímeros
SINOPSIS
polistato gmx [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.xvg>]] [-p [<.xvg>]] [-i [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [tu ]
[-[ahora] [-xvg ] [- [no] mw] [- [no] pc]
DESCRIPCIÓN
GMX polistato traza las propiedades estáticas de los polímeros en función del tiempo e imprime el
promedio.
De forma predeterminada, determina la distancia promedio de un extremo a otro y los radios de giro de
polímeros. Solicita un grupo índice y lo divide en moléculas. El de un extremo a otro
A continuación, la distancia se determina utilizando el primer y el último átomo en el grupo de índice para cada
moléculas. Para el radio de giro, el total y los tres componentes principales para
se escribe el tensor de giro promedio. Con opcion -v los autovectores están escritos.
Con la opción -ordenador personal también los valores propios medios de los tensores de giro individuales son
escrito. Con opcion -i se escriben las distancias internas cuadradas medias.
Con la opción -p se determina la duración de la persistencia. El grupo de índice elegido debe
consisten en átomos que están enlazados consecutivamente en las cadenas principales del polímero. La persistencia
Luego, la longitud se determina a partir del coseno de los ángulos entre enlaces con un índice
diferencia que es par, los pares impares no se utilizan, porque las cadenas principales de polímero recto
generalmente son todos trans y, por lo tanto, solo se alinea cada segundo enlace. La duración de la persistencia
se define como el número de enlaces donde el cos promedio alcanza un valor de 1 / e. Este punto es
determinado por una interpolación lineal de log ( ).
CAMPUS
Opciones para especificar archivos de entrada:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Archivo de entrada de ejecución xdr portátil
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-o [<.xvg>] (polystat.xvg)
archivo xvgr / xmgr
-v [<.xvg>] (polivec.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-p [<.xvg>] (persistir.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-i [<.xvg>] (intdist.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
tu (PD)
Unidad para valores de tiempo: fs, ps, ns, us, ms, s
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
- [no] mw (si)
Utilice la ponderación de masa para radios de giro.
- [no] pc (no)
Trazar valores propios medios
Utilice gmx-polystat en línea utilizando los servicios de onworks.net
