Este es el comando gmx-traj que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gmx-traj: grafica x, v, f, caja, temperatura y energía de rotación de las trayectorias
SINOPSIS
carro gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-buey [<.xvg>]] [-oxt [<.xtc / .trr / ...>]] [-ov [<.xvg>]]
[-de [<.xvg>]] [-transmisión exterior [<.xvg>]] [-Antiguo Testamento [<.xvg>]] [-ekt [<.xvg>]]
[-ekr [<.xvg>]] [-enfermedad venérea [<.xvg>]] [-CV [<.pdb>]] [-cf [<.pdb>]]
[-AV [<.xvg>]] [-af [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [tu ] [-[ahora] [-xvg ] [- [no] com]
[- [no] pbc] [- [no] mol] [- [no] nojump] [- [no] x] [- [no] y]
[- [no] z] [-ng ] [- [no] len] [- [no] fp] [-compartimiento ]
[-hora ] [-escala ]
DESCRIPCIÓN
GMX bandeja traza coordenadas, velocidades, fuerzas y / o la caja. Con -con las coordenadas,
Las velocidades y fuerzas se calculan para el centro de masa de cada grupo. Cuando -mol is
conjunto, los números en el archivo de índice se interpretan como números de moléculas y el mismo
procedimiento como con -con se utiliza para cada molécula.
Opción -Antiguo Testamento traza la temperatura de cada grupo, siempre que las velocidades estén presentes en el
archivo de trayectoria. ¡No se realizan correcciones para grados de libertad restringidos! Esta
implica -con.
-ekt y -ekr trazar la energía cinética de traslación y rotación de cada grupo,
siempre que las velocidades estén presentes en el archivo de trayectoria. Esto implica -con.
-CV y -cf escribir las velocidades promedio y las fuerzas promedio como factores de temperatura
a una .pdb archivo con las coordenadas promedio o las coordenadas en -hora. La temperatura
Los factores se escalan de manera que el máximo sea 10. La escala se puede cambiar con el
opción -escala. Para obtener las velocidades o fuerzas de un cuadro, establezca ambos -b y -e En el correo electrónico “Su Cuenta de Usuario en su Nuevo Sistema XNUMXCX”.
tiempo del fotograma deseado. Al promediar sobre fotogramas, es posible que deba utilizar el -sin saltos opción
para obtener las coordenadas medias correctas. Si selecciona cualquiera de estas opciones,
la fuerza y la velocidad promedio de cada átomo se escriben en un .xvg archivo también (especificado
con -AV or -af).
Opción -enfermedad venérea calcula una distribución de velocidad, es decir, se traza la norma del vector. En
Además en el mismo gráfico se da la distribución de energía cinética.
OPCIONES
Opciones para especificar archivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estructura + masa (db): tpr gro g96 pdb entrada de freno
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Archivo de índice
Opciones para especificar archivos de salida:
-buey [<.xvg>] (coord.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-oxt [<.xtc / .trr / ...>] (coord.xtc) (Opcional)
Trayectoria: xtc trr CPT gro g96 pdb tng
-ov [<.xvg>] (veloc.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-de [<.xvg>] (fuerza.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-transmisión exterior [<.xvg>] (caja.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-Antiguo Testamento [<.xvg>] (temp.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-ekt [<.xvg>] (ektrans.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-ekr [<.xvg>] (ekrot.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-enfermedad venérea [<.xvg>] (veldist.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-CV [<.pdb>] (veloc.pdb) (Opcional)
Archivo del banco de datos de proteínas
-cf [<.pdb>] (fuerza.pdb) (Opcional)
Archivo del banco de datos de proteínas
-AV [<.xvg>] (all_veloc.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
-af [<.xvg>] (todas_fuerza.xvg) (Opcional)
archivo xvgr / xmgr
Otras opciones
-b (0)
Primer fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-e (0)
Último fotograma (ps) para leer de la trayectoria
-dt (0)
Utilice el marco solo cuando t MOD dt = primera vez (ps)
tu (PD)
Unidad para valores de tiempo: fs, ps, ns, us, ms, s
-[ahora (no)
Ver salida .xvg, .xpm, .eps y .pdb archivos
-xvg
formato de trazado xvg: xmgrace, xmgr, none
- [no] com (no)
Trazar datos para la com de cada grupo
- [no] pbc (si)
Hacer moléculas completas para COM
- [no] mol (no)
El índice contiene números de moléculas números de átomos iso
- [no] nojump (no)
Elimina los saltos de átomos a lo largo de la caja.
- [no] x (si)
Trazar componente X
- [no] y (si)
Trazar componente Y
- [no] z (si)
Representar el componente Z
-ng (1)
Número de grupos a considerar
- [no] len (no)
Trazar la longitud del vector
- [no] fp (no)
Salida de precisión total
-compartimiento (1)
Binwidth para histograma de velocidad (nm / ps)
-hora (-1)
Utilice el marco en este momento para x en -CV y -cf en lugar del promedio x
-escala (0)
Factor de escala para .pdb salida, 0 es escala automática
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