Este es el comando gt-chseqids que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-chseqids: cambia los identificadores de secuencia según la asignación proporcionada en un archivo de asignación.
SINOPSIS
gt chseqids [opción ...] archivo_mapeo [archivo_GFF3]
DESCRIPCIÓN
-clasificar [si | no]
ordenar las características de GFF3 después de cambiar los ID de secuencia (el consumo de memoria es
proporcional al tamaño del archivo de entrada) (predeterminado: no)
-v [si | no]
ser detallado (predeterminado: no)
-o [nombre de archivo]
redirigir la salida al archivo especificado (predeterminado: indefinido)
-gzip [si | no]
escribir archivo de salida comprimido gzip (predeterminado: no)
-bzip2 [si | no]
escribir archivo de salida comprimido bzip2 (predeterminado: no)
-fuerza [si | no]
forzar la escritura en el archivo de salida (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
Formato de archivo para mapping_file:
El archivo de mapeo suministrado define una tabla de mapeo llamada "chseqids". Traza el
entradas de la región de secuencia dadas en el GFF3_file a otros nombres. Puede definirse como
manera:
chseqids = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
Cuando se utiliza este ejemplo, todos los ID de secuencia "chr1" se cambiarán a "seq1" y todos
ID de secuencia "chr2" a "seq2".
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
Informar errores a[email protected]>.
Use gt-chseqids en línea usando los servicios de onworks.net
