Este es el comando gt-extractseq que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-extractseq - Extrae secuencias de archivos de secuencia dados o fastaindex.
SINOPSIS
gt extractoseq [opción ...] [archivo_secuencia (s)] | fastaindex
DESCRIPCIÓN
-desdepos [valor]
extraer secuencia desde esta posición contando desde 1 en adelante (por defecto: 0)
-topos [valor]
extraer secuencia hasta esta posición contando desde 1 en adelante (por defecto: 0)
-partido [cadena]
extraer todas las secuencias cuya descripción coincida con el patrón dado. El patrón dado
debe ser una expresión regular extendida válida. (predeterminado: indefinido)
-llaves [nombre de archivo]
extraer subcadenas para claves en el archivo especificado (predeterminado: indefinido)
-anchura [valor]
establecer el ancho de salida para la impresión de secuencia FASTA (0 deshabilita el formateo) (predeterminado: 0)
-o [nombre de archivo]
redirigir la salida al archivo especificado (predeterminado: indefinido)
-gzip [si | no]
escribir archivo de salida comprimido gzip (predeterminado: no)
-bzip2 [si | no]
escribir archivo de salida comprimido bzip2 (predeterminado: no)
-fuerza [si | no]
forzar la escritura en el archivo de salida (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
La opción -keys permite extraer subcadenas o secuencias de la secuencia dada
archivo o de un índice fasta. Las subcadenas que se extraerán se especifican en un archivo de claves
dado como argumento a esta opción. El archivo de claves debe contener líneas del formulario
k
or
kij
donde k es una cadena (la clave) y los opcionales i y j son números enteros positivos tales que
i⇐j. k es la clave y los números opcionales i y j especifican la primera posición del
subcadena y la última posición de la subcadena que se va a extraer. Las posiciones son
contados desde 1. Si k es idéntico a la cadena entre el primero y el segundo
aparición del símbolo | en un encabezado fasta, luego el encabezado fasta y el correspondiente
se emite la secuencia. Por ejemplo en el encabezado fasta
> tr | A0AQI4 | A0AQI4_9ARCH Amoniaco monooxigenasa putativa (Fragmento)
la clave fasta es A0AQI4. Si se especifican i y j, entonces la subcadena correspondiente
se muestra en formato fasta. En el último caso, el encabezado de la secuencia con formato fasta en
la salida comienza con
> kij
seguido del encabezado fasta original original.
Si la entrada de secuencia son archivos fasta, entonces se mantiene lo siguiente:
· Las líneas duplicadas en el archivo de entrada conducen a una sola secuencia en la salida
· Las secuencias se emiten de acuerdo con el orden en los archivos de secuencia originales
· El formato de la salida se puede controlar mediante las opciones -anchura, -o, -gzip y
-bzip2
Si la entrada de la secuencia proviene de un índice fasta (ver más abajo), se mantiene lo siguiente:
· opción -anchura Se requiere
· opción -o, -gzip y -bzip2 No funcionan
· Las secuencias se emiten en el orden en que aparecen las claves correspondientes en el archivo de claves
Si el final de la lista de argumentos solo contiene un nombre de archivo, diga fastaindex, entonces es
comprobado si hay un archivo fastaindex.kys. Esto forma parte del índice fasta, que es
construido llamando a la herramienta de sufijos de la siguiente manera:
gt sufijoerator -protein -ssp -tis -des -sds -kys -indexname fastaindex \
-db archivo de entrada1 [archivo de entrada2 ..]
Esto lee los archivos de secuencia de proteínas dados a la opción -Db y crea varios archivos:
· Un archivo fastaindex.esq que representa la secuencia.
· Un archivo fastaindex.ssp que especifica las posiciones del separador de secuencia.
· Un archivo fastaindex.des que muestra los encabezados fasta línea por línea.
· Un archivo fastaindex.sds que proporciona las posiciones del delimitador del encabezado de la secuencia.
· Un archivo fastaindex.kys que contiene las claves de los archivos fasta.
Para que funcione el comando suffixerator, las claves de la forma | clave | en el encabezado fasta debe
satisfacer las siguientes restricciones:
· Todos deben tener la misma longitud, no más de 128 y no menos de 1
· Deben aparecer en orden lexicográfico
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
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