Este es el comando gt-genomediff que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-genomediff: calcula Kr: distancias por pares entre genomas.
SINOPSIS
gt diferencia del genoma [opción ...] (INDICE | -indexname NAME SEQFILE SEQFILE [...])
DESCRIPCIÓN
-tipo de índice [...]
especifique el tipo de índice, uno de los siguientes: esa | pck | encseq. Donde encseq es una secuencia codificada y
una matriz de sufijos mejorada se construirá solo en la memoria. (predeterminado: encseq)
-nombreíndice [cadena]
Nombre base de encseq para construir. (predeterminado: indefinido)
-archivo unitario [nombre de archivo]
especifica las unidades genómicas, consulte la descripción a continuación. (predeterminado: indefinido)
espejado [si | no]
anexar virtualmente el complemento inverso de cada secuencia (predeterminado: no)
-pl [propuesta de]
especifique la longitud del prefijo para la recomendación de clasificación de cubos: utilizar sin argumento; Entonces un
la longitud razonable del prefijo se determina automáticamente. (predeterminado: 0)
-corriente continua [propuesta de]
especificar el valor de cobertura de la diferencia (predeterminado: 0)
-memlimit [cadena]
especificar la cantidad máxima de memoria que se utilizará durante la construcción del índice (en bytes,
las palabras claves MB y GB están permitidos) (predeterminado: indefinido)
-escanear [si | no]
no cargue ese índice, sino que lo escanee secuencialmente. (predeterminado: sí)
-thr [propuesta de]
Umbral de diferencia (du, dl) en el cálculo de divergencia. predeterminado: 1e-9
-abs_err [propuesta de]
error absoluto para el cálculo shulen esperado. predeterminado: 1e-5
-rel_err [propuesta de]
error relativo para el cálculo shulen esperado. predeterminado: 1e-3
-M [propuesta de]
umbral para el logaritmo mínimo. predeterminado: DBL_MIN
-v [si | no]
ser detallado (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda para opciones básicas y salir
-ayuda +
mostrar ayuda para todas las opciones y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
La herramienta genomediff solo acepta entrada de ADN.
Cuando se utiliza con archivos de secuencia o encseq, se incorporará una matriz de sufijos mejorada en la memoria.
La ESA no se creará por completo, pero la construcción utilizará -memlimit como un umbral
y construirlo por partes, calculando la longitud de Shu para cada parte.
Formato de archivo para la opción -archivo unitario (en sintaxis Lua):
unidades = {
genoma1 = {"ruta / archivo1.fa", "archivo2.fa"},
genome2 = {"archivo3.fa", "ruta / archivo4.fa"}
}
¡Indique la ruta a los archivos tal como se le dieron a la herramienta encseq! Puedes usar
$ gt encseq info NOMBRE DEL ÍNDICE
para obtener una lista de archivos en una secuencia codificada.
Las líneas de comentario en Lua comienzan con -- y será ignorado.
Consulte GTDIR / testdata / genomediff / unitfile1.lua para ver un ejemplo.
Opciones -pl, -corriente continua y -memlimit son opciones para influir en la construcción de la ESA.
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
Informar errores a[email protected]>.
Use gt-genomediff en línea usando los servicios de onworks.net
