Este es el comando gt-seed_extend que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
gt-seed_extend: calcula las alineaciones locales utilizando el algoritmo de semilla y extensión.
SINOPSIS
gt semilla_extender [opción ...] encseq_basename [encseq_basename]
DESCRIPCIÓN
-ii [cadena]
Índice de entrada para secuencias codificadas encseq
-qii [cadena]
Índice de entrada de consulta (encseq)
-longitud de la semilla [valor]
Longitud mínima de una semilla predeterminada: logaritmo de la longitud de entrada al tamaño del alfabeto base
-ancho de banda de diag [valor]
Logaritmo del ancho de banda diagonal (para filtro) (predeterminado: 6)
-mincobertura [valor]
Cobertura mínima en dos bandas diagonales vecinas (para filtro) predeterminado: 2.5 x
longitud de semilla
-frecuenciamax [valor]
Frecuencia máxima de un k-mer (para filtro) (predeterminado: indefinido)
-memlimit [cadena]
Uso máximo de memoria para determinar la frecuencia máxima de un k-mer (para filtro)
(predeterminado: indefinido)
-extenderxsoltar [valor]
Extienda la semilla a ambos lados usando el algoritmo xdrop, / no especifica el parámetro opcional
sensibilidad (predeterminado: 97)
-xdropabajo [valor]
Especifique la puntuación de corte de xdrop (0 significa que se define automáticamente según la minidentidad)
-extender codicioso [valor]
Extienda la semilla a ambos lados utilizando un algoritmo codicioso, el parámetro opcional especifica
sensibilidad (predeterminado: 97)
-l [valor]
Longitud mínima de alineación (para extensión de semillas) (predeterminado: indefinido)
-minidentidad [valor]
Identidad mínima de coincidencias (para extensión semilla) (predeterminado: 80)
-a [valor]
mostrar alineaciones / secuencias (el argumento opcional es el número de columnas por línea) (predeterminado:
70).
-no-reverso [si | no]
no calcula coincidencias en la hebra complementada inversa (predeterminado: no)
-no-adelante [si | no]
no calcula coincidencias en la cadena de avance (predeterminado: no)
-v [si | no]
ser detallado (predeterminado: no)
-ayuda
mostrar ayuda y salir
-versión
mostrar información de la versión y salir
PRESENTACIÓN DE INFORMES LOCO
Informar errores a[email protected]>.
Use gt-seed_extend en línea usando los servicios de onworks.net
