gtf2gff3p: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

gtf2gff3: convierte archivos con formato GTF en archivos GFF3 válidos

VERSIÓN

Este documento describe la versión 0.1

SINOPSIS

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file> gff3_file

DESCRIPCIÓN

Este script convertirá archivos con formato GTF en archivos con formato GFF3 válidos. Se mapeará
el valor en la columna 3 (columna \ "tipo \") a SO válido, pero debido a que muchos términos no estándar
puede aparecer en esa columna en archivos GTF, puede editar el archivo de configuración para proporcionar su propio
Función GTF al mapeo SO. El script también construirá modelos genéticos a partir de exones, CDS y
otras características dadas en el archivo GTF. Actualmente se prueba en Ensemble y Twinscan
GTF, y debería funcionar en cualquier otro archivo que siga la misma especificación. Lo hace
no funcionan en GTF desde el navegador de tablas UCSC porque esos archivos usan el mismo ID para genes
y transcripción, por lo que es imposible agrupar múltiples transcripciones en un gen. Ver el
README que viene con el guión para obtener más información.

OPCIONES:

--cfg
Proporcione el nombre de archivo para un archivo de configuración. Consulte el archivo de configuración que se proporciona con este
script para detalles de formato. Utilice este archivo de configuración para modificar el comportamiento del
texto. Si no se proporciona un archivo de configuración, busca ./gtf2gff3.cfg, ~ / gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg en ese orden.

--ayuda
Proporcione un mensaje de ayuda de estilo de página de manual detallado y luego salga.

La diagnostica

"ERROR: Atributos faltantes o no estándar: parse_attributes"
Una línea en el archivo GTF no tenía ningún atributo, o su columna de atributos era
incomprensible.

"ERROR: No se admite la función de genes sin transcripción. Comuníquese con el autor para obtener asistencia:
build_gene "
Esta advertencia indica que se omitió una línea porque contenía una transcripción
característica del gen, y el código no está equipado actualmente para manejar este tipo de característica.
Esto probablemente no sea demasiado difícil de agregar, así que contácteme si recibe este error y
quisiera tener estas funciones compatibles.

"ERROR: Debe tener al menos exones o CDS para crear una transcripción: build_trnsc"
Alguna característica tenía un transcript_id y, sin embargo, no había exones o CDS asociados con
ese transcript_id, por lo que el guión no pudo crear una transcripción.

"ERROR: seq_id conflicto: validate_and_finish_trnsc"
Encontré dos características dentro de la misma transcripción que no compartían el mismo seq_id.

"ERROR: conflicto de origen: validate_and_finish_trnsc"
Encontré dos características dentro de la misma transcripción que no compartían la misma fuente.

"ERROR: tipo de conflicto: validate_and_finish_trnsc"
Encontré dos características dentro de la misma transcripción que se esperaba que compartieran la misma
tipo y, sin embargo, no lo hicieron.

"ERROR: conflicto de cadena: validate_and_finish_trnsc"
Encontré dos características dentro de la misma transcripción que no compartían el mismo hilo.

"ERROR: seq_id conflicto: validate_and_build_gene"
Encontré dos características dentro del mismo gen que no compartían el mismo seq_id.

"ERROR: conflicto de origen: validate_and_build_gene"
Encontré dos características dentro del mismo gen que no compartían la misma fuente.

"ERROR: conflicto de cadenas: validate_and_build_gene"
Encontré dos características dentro del mismo gen que no compartían la misma hebra.

"ERROR: conflicto de gene_id: validate_and_build_gene"
Encontré dos características dentro del mismo gen que no compartían el mismo gene_id.

"FATAL: No se puede abrir el archivo GTF: nombre_archivo para leer".
No se puede abrir el archivo GTF para leerlo.

"FATAL: se necesitan exones o CDS para crear transcripciones: process_start"
Se anotó una característica start_codon y, sin embargo, no hubo exones ni CDS asociados
con ese transcript_id, por lo que el script falló.

"FATAL: código no probado en process_start. Póngase en contacto con el autor para obtener asistencia".
El script está escrito para inferir un codón de inicio basado en la presencia de un UTR 5 ', pero nosotros
no tenía GTF de ejemplo de este tipo cuando escribimos el código, así que matamos el proceso en lugar de
que ejecutar código no probado. Póngase en contacto con el autor para obtener ayuda.

"FATAL: conjunto de funciones no válido: process_start"
Intentamos considerar todas las formas posibles de inferir un codón de inicio o inferir un no-
gen codificante y, sin embargo, hemos fallado. Tu combinación de características genéticas no hace
sentido para nosotros. Nunca debería recibir este error y, si lo hace, realmente nos gustaría ver
el archivo GTF que lo generó. Póngase en contacto con el autor para obtener ayuda.

"FATAL: se necesitan exones o CDS para crear transcripciones: process_stop"
Se anotó una característica stop_codon y, sin embargo, no hubo exones o CDS asociados con
ese transcript_id, por lo que el script falló.

"FATAL: código no probado en process_stop. Póngase en contacto con el autor para obtener asistencia".
El guión está escrito para inferir un codón de terminación basado en la presencia de una UTR 3 ', pero
no tenía GTF de ejemplo de este tipo cuando escribimos el código, así que matamos el proceso en lugar de
que ejecutar código no probado. Póngase en contacto con el autor para obtener ayuda.

"FATAL: conjunto de funciones no válido: process_stop"
Intentamos considerar todas las formas posibles de inferir un codón de terminación o inferir un no
gen codificante y, sin embargo, hemos fallado. Tu combinación de características genéticas no hace
sentido para nosotros. Nunca debería recibir este error y, si lo hace, realmente nos gustaría ver
el archivo GTF que lo generó. Póngase en contacto con el autor para obtener ayuda.

"FATAL: conjunto de funciones no válido: process_exon_CDS_UTR"
Intentamos considerar todas las formas posibles de inferir exones, CDS y UTR y, sin embargo, hemos
fallido. Su combinación de características genéticas no tiene sentido para nosotros. De verdad
debería recibir este error, y si lo hace, realmente nos gustaría ver el archivo GTF que
lo generó. Póngase en contacto con el autor para obtener ayuda.

"FATAL: Se requiere referencia de matriz: sort_features".
Un usuario no debería poder desencadenar este error. Es casi seguro que indica una
error de programación. Comuníquese con el autor.

"FATAL: No se puede determinar la hebra en: sort_feature_types".
Esto puede indicar que su archivo GTF no indica la línea de características que
lo requiera. También puede indicar un error de software. Comuníquese con el autor.

"FATAL: Se requiere referencia de hash: sort_feature_types".
Un usuario no debería poder desencadenar este error. Es casi seguro que indica una
error de programación. Comuníquese con el autor.

"FATAL: Se ha pasado un valor no válido a la hebra: hebra".
Esto puede indicar que su archivo GTF no indica la línea de características que
lo requiera. Considere usar el parámetro DEFAULT_STRAND en el archivo de configuración. Puede
también indica un error de software. Comuníquese con el autor.

CONFIGURACIÓN Y MEDIO AMBIENTE

Se proporciona un archivo de configuración con este script. El guión buscará eso
archivo de configuración en ./gtf2gff3.cfg, ~ / gtf2gff3.cfg o /etc/gtf2gff3.cfg en ese orden.
Si el archivo de configuración no se encuentra en una de esas ubicaciones y no se proporciona una
a través de la bandera --cfg, intentará elegir algunos valores predeterminados cuerdos, pero realmente debería proporcionar
el archivo de configuración. Consulte el archivo de configuración suministrado en sí, así como el archivo README.
que viene con este paquete para conocer el formato y los detalles sobre el archivo de configuración.

DEPENDENCIAS

Este script requiere los siguientes paquetes de perl que están disponibles en CPAN
(www.cpan.org).

Getopt :: Long; use Config :: Std;

INCOMPATIBILIDADES

Ninguno reportado.

Use gtf2gff3p en línea usando los servicios de onworks.net