Este es el comando hhconsensus que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
hhconsensus: calcula la secuencia de consenso para un archivo de entrada A3M / FASTA
SINOPSIS
consenso -i [opciones]
DESCRIPCIÓN
HHconsensus versión 2.0.16 (enero de 2013) Calcule la secuencia de consenso para un
Archivo de entrada A3M / FASTA. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A y Soding J. HHblits: iterativo ultrarrápido
búsqueda de secuencias de proteínas por alineación HMM-HMM. Nat. Métodos 9: 173-175 (2011).
-i
alineación de consultas (A2M, A3M o FASTA), o consulta HMM
Salida opciones:
-s
anexar secuencia de consenso en FASTA (por defecto = )
-o
escribir la alineación con la secuencia de consenso en A3M
-oa3m
mismo
-oa2m
escribir la alineación con la secuencia de consenso en A2M
-de como
escribir la alineación con la secuencia de consenso en FASTA
-v
modo detallado: 0: sin salida de pantalla 1: solo advertencias 2: detallado
Filtrar Las opciones de entrada alineación (opciones podemos be conjunto):
-carné de identidad [0,100] máxima identidad de secuencia por pares (%) (def = 100)
-diferencia [0, inf [filtra el conjunto de secuencias más diverso, manteniendo al menos este
muchas secuencias en cada bloque de> 50 columnas (def = 0)
-cov [0,100] cobertura mínima con consulta (%) (def = 0)
-qid [0,100] identidad de secuencia mínima con consulta (%) (def = 0)
-qsc [0,100] puntuación mínima por columna con consulta (def = -20.0)
Entrada alineación formato:
-M a2m use A2M / A3M (predeterminado): mayúsculas = Coincidir; minúscula = Insertar; '-' = Eliminar; '.' =
espacios alineados con inserciones (pueden omitirse)
-M la primera
use FASTA: las columnas con residuo en la primera secuencia son estados coincidentes
-M [ 0,100 ]
use FASTA: las columnas con menos del X% de espacios son estados de coincidencia
Otro opciones:
-agregar agregar información de estructura secundaria predicha de PSIPRED
Ejemplo: hhconsensus -i stdin -s stdout
Use hhconsensus en línea usando los servicios de onworks.net
