hhfilter: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

hhfilter: filtra una alineación por identidad de secuencia máxima de estados de coincidencia y mínimo
cobertura

SINOPSIS

filtro hh -i en archivo -o archivar [opciones]

DESCRIPCIÓN

HHfilter versión 2.0.16 (enero de 2013) Filtrar una alineación por identidad de secuencia máxima de
Estados de coincidencia y cobertura mínima (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert,
Andreas Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A y Soding J. HHblits: A la velocidad del rayo
búsqueda iterativa de secuencias de proteínas mediante alineación HMM-HMM. Nat. Métodos 9: 173-175 (2011).

-i
leer archivo de entrada en formato A3M / A2M o FASTA

-o
escribir en el archivo de salida en formato A3M

-a
adjuntar al archivo de salida en formato A3M

OPCIONES

-v
modo detallado: 0: sin salida de pantalla 1: solo advertencias 2: detallado

-carné de identidad [0,100] máxima identidad de secuencia por pares (%) (def = 90)

-diferencia [0, inf [
filtrar MSA seleccionando el conjunto más diverso de secuencias, manteniendo al menos esta cantidad
seqs en cada bloque MSA de longitud 50 (def = 0)

-cov [0,100] cobertura mínima con consulta (%) (def = 0)

-qid [0,100] identidad de secuencia mínima con consulta (%) (def = 0)

-qsc [0,100] puntuación mínima por columna con consulta (def = -20.0)

-neff [1, inf]
diversidad de objetivos de alineación (predeterminado = desactivado)

Entrada alineación formato:
-M a2m use A2M / A3M (predeterminado): mayúsculas = Coincidir; minúscula = Insertar; '-' = Eliminar; '.' =
espacios alineados con inserciones (pueden omitirse)

-M first
use FASTA: las columnas con residuo en la primera secuencia son estados coincidentes

-M [ 0,100 ]
use FASTA: las columnas con menos del X% de espacios son estados de coincidencia

Ejemplo: hhfilter -carné de identidad 50 -i d1mvfd_.a2m -o d1mvfd_.fil.a2m

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