Este es el comando hhmake que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
hhmake: crea un HMM a partir de una alineación de entrada o convierte entre el formato HMMER y HHsearch
formato
SINOPSIS
hhhacer -i presentar [opciones]
DESCRIPCIÓN
HHmake versión 2.0.16 (enero de 2013) Cree un HMM a partir de una alineación de entrada en A2M, A3M o
Formato FASTA, o convierta entre formato HMMER (.hmm) y formato HHsearch (.hhm). Remmert
M, Biegert A, Hauser A y Soding J. HHblits: secuencia de proteínas iterativa ultrarrápida
búsqueda por alineación HMM-HMM. Nat. Métodos 9: 173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert y Andreas Hauser
-i
alineación de consultas (A2M, A3M o FASTA), o consulta HMM
Salida opciones:
-o
Archivo HMM en el que se escribirá (predeterminado = )
-a
Archivo HMM que se adjuntará al
-v
modo detallado: 0: sin salida de pantalla 1: solo advertencias 2: detallado
-sec
máx. número de secuencias de consulta / plantilla mostradas (def = 10) ¡Cuidado con los desbordamientos! Todos
estas secuencias se almacenan en la memoria.
-contras hacer la secuencia maestra de la secuencia de consenso de la consulta MSA
-nombre
use este nombre para HMM (predeterminado: use el nombre de la primera secuencia)
Filtrar consulta de alineación de secuencia múltiple
-carné de identidad [0,100] máxima identidad de secuencia por pares (%) (def = 90)
-diferencia [0, inf [
filtrar MSA seleccionando el conjunto más diverso de secuencias, manteniendo al menos esta cantidad
seqs en cada bloque MSA de longitud 50 (def = 100)
-cov [0,100] cobertura mínima con consulta (%) (def = 0)
-qid [0,100] identidad de secuencia mínima con consulta (%) (def = 0)
-qsc [0,100] puntuación mínima por columna con consulta (def = -20.0)
-neff [1, inf]
diversidad de objetivos de alineación (predeterminado = desactivado)
Entrada alineación formato:
-M a2m use A2M / A3M (predeterminado): mayúsculas = Coincidir; minúscula = Insertar; '-' = Eliminar; '.' =
espacios alineados con inserciones (pueden omitirse)
-M la primera
use FASTA: las columnas con residuo en la primera secuencia son estados coincidentes
-M [ 0,100 ]
use FASTA: las columnas con menos del X% de espacios son estados de coincidencia
Pseudocuenta (ordenador personal) opciones:
-pcm Dependencia de la posición 0-2 del aditivo de pc 'tau' (modo pc, predeterminado = 0)
0: sin pseudo recuentos:
ta = 0
1: constante
ta = un
2: dependiente de la diversidad: tau = a / (1 + ((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: número de
Secuencias efectivas en MSA local alrededor de la columna i) 3: pseudocuentas de diversidad constante
-pca [0,1] mezcla de pseudocontento general (def = 1.0)
-tarjeta de circuito impreso [1, inf [Valor umbral neff para -pcm 2 (def = 1.5)
-pcc [0,3] exponente de extinción c para -pcm 2 (def = 1.0)
-pre_pca [ 0,1 ]
Adición de pseudocontento PREFILTER (def = 0.8)
-pre_pcb [1, inf [PREFILTER umbral para Neff (def = 1.8)
Específico del contexto pseudo-recuentos:
-sin contexto
usar matriz de sustitución en lugar de pseudocontentos específicos del contexto
-contexto archivo de contexto para calcular pseudocontentos específicos del contexto
(predeterminado =. / data / context_data.lib)
-cslib
archivo de estado de columna para un filtrado previo rápido de la base de datos (predeterminado =. / data / cs219.lib)
Ejemplo: hhmake -i prueba.a3m
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