Este es el comando hmm2emit que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
hmm2emit: genera secuencias a partir de un perfil HMM
SINOPSIS
hmm2emitir [opciones] archivo hmm
DESCRIPCIÓN
hmm2emitir lee un archivo HMM de archivo hmm que contiene uno o más HMM, y genera un
número de secuencias de cada HMM; o, si el -c está seleccionada la opción, generar una
consenso de la regla de la mayoría. Esto puede ser útil para varias aplicaciones en las que se necesita un
simulación de secuencias consistentes con un consenso de familia de secuencias.
De forma predeterminada, hmm2emitir genera 10 secuencias y las envía en formato FASTA (no alineado).
CAMPUS
-a Escriba las secuencias generadas en un formato alineado (SELEX) en lugar de FASTA.
-c Predecir una secuencia de consenso de la regla de la mayoría única en lugar de secuencias de muestreo
de la distribución de probabilidad del HMM. Residuos altamente conservados (p> = 0.9 para
ADN, p> = 0.5 para proteína) se muestran en mayúsculas; otros se muestran en minúsculas.
Algunos estados insertados pueden convertirse en parte del consenso de la regla de la mayoría, porque son
utilizado en> = 50% de las secuencias generadas; cuando esto sucede, residuos generados por insertos
simplemente se muestran como "x".
-h Imprimir ayuda breve; incluye el número de versión y un resumen de todas las opciones, incluyendo
opciones de expertos.
-n Generar secuencias. El valor predeterminado es 10.
-o Guarde las secuencias sintéticas en un archivo en lugar de escribirlos en stdout.
-q Tranquilo; suprime toda la salida excepto las secuencias en sí. Útil para tuberías
o dirigiendo la salida.
EXPERTO CAMPUS
--semilla
Establezca la semilla aleatoria en , donde es un número entero positivo. El valor predeterminado es usar
hora() para generar una semilla diferente para cada ejecución, lo que significa que dos
carreras de hmm2emitir en el mismo HMM dará resultados ligeramente diferentes. Puedes usar
esta opción para generar resultados reproducibles.
Utilice hmm2emit en línea utilizando los servicios de onworks.net
