hmm2search: en línea en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

hmm2search: busca en una base de datos de secuencias con un perfil HMM

SINOPSIS

hmm2buscar [opciones] archivo hmm archivoseq

DESCRIPCIÓN

hmm2buscar lee un HMM de archivo hmm y búsquedas archivoseq para significativamente similar
coincidencias de secuencia.

archivoseq se buscará primero en el directorio de trabajo actual, luego en un directorio
nombrado por la variable de entorno BLASTDB. Esto permite a los usuarios utilizar bases de datos BLAST existentes,
si BLAST se ha configurado para el sitio.

hmm2buscar puede tardar minutos o incluso horas en ejecutarse, según el tamaño de la secuencia
base de datos. Es una buena idea redirigir la salida a un archivo.

El resultado consta de cuatro secciones: una lista clasificada de las mejores secuencias de puntuación, una
lista clasificada de los mejores dominios de puntuación, alineaciones para todos los dominios de mejor puntuación y
un histograma de las puntuaciones. Una puntuación de secuencia puede ser más alta que una puntuación de dominio para el
misma secuencia si hay más de un dominio en la secuencia; la secuencia de partitura toma
en cuenta todos los dominios. Todas las secuencias puntuadas por encima del -E y -T se muestran los cortes
en la primera lista, luego cada El dominio que se encuentra en esta lista se muestra en la segunda lista de
hits de dominio. Si lo desea, también se pueden aplicar umbrales de valor E y de puntuación de bits a la
lista de dominios usando el --Hazme y --domT .

CAMPUS

-h Imprimir ayuda breve; incluye el número de versión y un resumen de todas las opciones, incluyendo
opciones de expertos.

-A Limita la salida de alineación al dominios con mejor puntuación. -A0 apaga el
salida de alineación y se puede utilizar para reducir el tamaño de los archivos de salida.

-E Establezca el valor de corte E para la lista de aciertos clasificados por secuencia en , donde es un
número real positivo. El valor predeterminado es 10.0. Golpea con valores E mejores que (menos
que) se mostrará este umbral.

-T Establezca el límite de puntuación de bits para la lista de aciertos clasificada por secuencia en , donde is
un número real. El valor predeterminado es infinito negativo; por defecto, el umbral es
controlado por el valor E y no por la puntuación de bits. Golpea con puntajes de bits mejores que
(mayor que) se mostrará este umbral.

-Z Calcule las puntuaciones del valor E como si hubiéramos visto una base de datos de secuencias de
secuencias. El valor predeterminado es el número de secuencias que se ven en su archivo de base de datos.
.

EXPERTO CAMPUS

--compatible
Utilice el formato de salida de HMMER 2.1.1, la versión pública de 1998-2001; siempre que
2.1.1 no es necesario reescribir los analizadores sintácticos.

--UPC
Establece el número máximo de CPU en las que se ejecutará el programa. El valor predeterminado es usar
todas las CPU de la máquina. Anula la variable de entorno HMMER_NCPU. Solamente
afecta a las versiones con subprocesos de HMMER (el valor predeterminado en la mayoría de los sistemas).

--cut_ga
Utilice los puntos de corte de puntuación de Pfam GA (umbral de recopilación). Equivalente a --globT
--domT , pero los límites GA2 y GA1 se leen del archivo HMM. hmm2build
coloca estos cortes allí si el archivo de alineación se anotó en un formato compatible con Pfam
formato de alineación (SELEX extendido o formato de Estocolmo) y el GA opcional
la línea de anotación estaba presente. Si estos límites no se establecen en el archivo HMM, --cut_ga
no funciona.

--cut_tc
Utilice los puntos de corte de Pfam TC (límite de confianza). Equivalente a --globT --domT
, pero los cortes TC2 y TC1 se leen del archivo HMM. hmm2build pone estos
cortes allí si el archivo de alineación se anotó en una alineación compatible con Pfam
formato (SELEX extendido o formato de Estocolmo) y la línea de anotación TC opcional fue
regalo. Si estos límites no se establecen en el archivo HMM, --cut_tc no funciona.

--cut_nc
Utilice los puntos de corte de puntuación de Pfam NC (corte de ruido). Equivalente a --globT --domT ,
pero los límites NC1 y NC2 se leen del archivo HMM. hmm2build pone estos
cortes allí si el archivo de alineación se anotó en una alineación compatible con Pfam
formato (SELEX extendido o formato de Estocolmo) y la línea de anotación NC opcional fue
regalo. Si estos límites no se establecen en el archivo HMM, --cut_nc no funciona.

--Hazme
Establezca el límite del valor E para la lista de aciertos clasificados por dominio en , donde es un
número real positivo. El valor predeterminado es infinito; de forma predeterminada, todos los dominios del
Las secuencias que pasaron el primer umbral se informarán en la segunda lista, por lo que
que el número de dominios reportados en la lista por secuencia es consistente con el
número que aparece en la lista por dominio.

--domT
Establezca el límite de puntuación de bits para la lista de aciertos clasificados por dominio en , donde es un
Número Real. El valor predeterminado es infinito negativo; de forma predeterminada, todos los dominios del
Las secuencias que pasaron el primer umbral se informarán en la segunda lista, por lo que
que el número de dominios reportados en la lista por secuencia es consistente con el
número que aparece en la lista por dominio. Importante: Nota: solo un dominio en un
La secuencia está absolutamente controlada por este parámetro, o por --domT. El segundo y
Los dominios subsiguientes en una secuencia tienen un umbral de puntuación de bits de facto de 0 porque
de los detalles de cómo funciona HMMER. HMMER requiere al menos una pasada a través del
modelo principal por secuencia; para hacer más de una pasada (más de un dominio) el
La alineación multidominio debe tener una mejor puntuación que la alineación de un solo dominio,
y por lo tanto, los dominios adicionales deben aportar una puntuación positiva. Ver la guía del usuario
para más detalles.

--hacia adelante
Utilice el algoritmo Forward en lugar del algoritmo de Viterbi para determinar el
puntuaciones de secuencia. Las puntuaciones por dominio todavía están determinadas por el algoritmo de Viterbi.
Algunos han argumentado que Forward es un algoritmo más sensible para la detección remota
homólogos de secuencia; Sin embargo, mis experimentos con HMMER no lo han confirmado.

--informato
Afirmar que la entrada archivoseq está en formato ; no ejecute el formato Babelfish
autodección. Esto aumenta un poco la confiabilidad del programa, porque el
Babelfish puede cometer errores; especialmente recomendado para personas desatendidas, de alta
ejecuciones de rendimiento de HMMER. Las cadenas de formato válidas incluyen FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, ESTOCOLMO, SELEX, MSF, CLUSTAL y PHYLIP. Consulte la Guía del usuario para
lista completa.

--nulo2
Desactive el segundo modelo nulo post hoc. De forma predeterminada, cada alineación se vuelve a puntuar por
un paso de posprocesamiento que tiene en cuenta la posible composición sesgada en
el HMM o la secuencia objetivo. Esto es casi esencial en las búsquedas de bases de datos,
especialmente con modelos de alineación local. Existe una posibilidad muy pequeña de que esto
El posprocesamiento puede eliminar coincidencias reales y, en estos casos, --nulo2 puede mejorar
sensibilidad a expensas de reducir la especificidad al permitir que la composición sesgada
golpea a través.

--pvm Ejecutar en una máquina virtual paralela (PVM). El PVM ya debe estar ejecutándose. los
programa de cliente hmm2search-pvm debe instalarse en todos los nodos PVM. PVM opcional
el soporte debe haber sido compilado en HMMER.

--xnu Active el filtrado XNU de las secuencias de proteínas objetivo. No tiene ningún efecto sobre el ácido nucleico.
secuencias. En experimentos de prueba, --xnu parece funcionar menos bien que el
modelo post hoc null2 predeterminado.

Utilice hmm2search en línea utilizando los servicios de onworks.net