Este es el comando HPCmapper que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
HPCmapper: genera una secuencia de comandos para asignar lecturas
SINOPSIS
mapeador HPC [-vb] [-kint(20)] [-wint(6)] [-hint(50)] [-tint] [-Mint]
[-edoble (.85)][-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mseguir] + [-dalint(4)] [-gradoint(25)]
ref: db | presa lee: db | presa [primero: int[-último: int]]
DESCRIPCIÓN
mapeador HPC escribe un script de shell de UNIX en la salida estándar que consta de una secuencia de
comandos que efectivamente "mapean" cada lectura en la base de datos lee contra un conjunto de referencia de
secuencias en la base de datos ref., registrando todas las alineaciones locales encontradas en la secuencia de archivos
ref.lee.1.las, ref.lee.2.lasy así sucesivamente, donde ref.lee.k.las contiene las alineaciones
entre todos ref. y el bloque k de lee. Los parámetros son exactamente los mismos que
para Alineador HPC(1) salvo que el -k, -hy -e los valores predeterminados se establecen adecuadamente para
mapeo, y el -A y -I las opciones no tienen sentido ya que ref. y lee se espera que sean
conjuntos de datos distintos.
Si los enteros la primera y pasado faltan, entonces el script producido es para cada bloque en
la base de datos lee. Si la primera está presente entonces mapeador HPC produce un guión que compara
bloques la primera a pasado (pasado = la primera si no está presente) contra DAM ref..
Utilice HPCmapper en línea utilizando los servicios de onworks.net
