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idfetch: en línea en la nube

Ejecute idfetch en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks a través de Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS

Este es el comando idfetch que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.

PROGRAMA:

NOMBRE


idfetch: recupera datos biológicos del servidor NCBI ID1

SINOPSIS


idfetch [-] [-F str] [-G nombre de archivo] [-Q nombre de archivo] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l nombre de archivo] [-n] [-o nombre de archivo] [-q str] [-s str] [-t N]

DESCRIPCIÓN


idfetch es un cliente para el servidor ID1 de NCBI, que contiene una gran base de datos de anotaciones
secuencias biológicas.

OPCIONES


Un resumen de las opciones se incluye a continuación.

- Mensaje de uso de impresión

-F str Agregue los tipos de características especificados (delimitados por comas); los valores permitidos son CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA y microRNA.

-G nombre de archivo
Archivo con lista de IG, accesiones (versionadas), FASTA SeqID para volcar

-Q nombre de archivo
Generar lista de IG por consulta de Entrez en nombre de archivo; requiere -dn or -dp.

-c N Complejidad máxima:
0 obtener el blob completo (predeterminado)
1 obtenga el bioseq de interés
2 obtenga el conjunto de bioseq mínimo que contiene el bioseq de interés
3 obtenga el nuc-prot mínimo que contiene el bioseq de interés
4 obtenga el pub-set mínimo que contiene el bioseq de interés

-d str Base de datos a utilizar (con -q, pueden ser cualquiera de los dos n para nucleótidos o p para proteínas).

-e N Número de entidad (número de recuperación) para volcar

-f str SeqId aplanado. Posibles formatos:
tipo([nombre ] [, [adhesión] [, [,] [,versión]]]) como '5 (HUMHBB)'
tipo=adhesión
tipo:número
(tipo es un número que indica el subtipo ASN.1 Seq-id.)

-g N ID de GI para una sola entidad para volcar

-i N Tipo de búsqueda:
0 get Seq-entry (predeterminado)
1 obtener el estado de GI (salida a stderr)
2 obtener SeqIds
3 obtener historial GI (solo cambio de secuencia)
4 obtener historial de revisión (cualquier cambio en ASN.1)

-l nombre de archivo
Archivo de registro

-n Imprima solo la lista de IG (con -q y -Q).

-o nombre de archivo
Nombre de archivo para la salida (predeterminado = stdout)

-q str Genere una lista de gi por consulta Entrez. Requiere -dn or -dp.

-s str SeqId estilo FASTA INCLUIDO EN COTIZACIONES. Formatos:
lcl |int or str
bbs |int
bbm |int
gb |según|loc
emb |según|loc
pir |según|nombre
sp |según|nombre
palmadita |país|patentar|ss
gi |int
dbj |según|loc
prf |según|nombre
pdb |entrada|cadena

-t N Tipo de salida:
1 texto ASN.1 (predeterminado)
2 ASN.1 binario
3 GenBank (solo entrada secuencial)
4 GenPept (solo entrada de secuencia)
5 FASTA (tabla de historia)
6 puntuaciones de calidad (solo entrada secundaria)
7 Entrez DocSums
8 FASTA complemento inverso

Utilice idfetch en línea utilizando los servicios de onworks.net


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