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insegt - Online en la nube

Ejecute insegt en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks sobre Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS

Este es el comando insegt que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.

PROGRAMA:

NOMBRE


insegt - intersección de datos de secuenciación de segunda generación con anotación

SINOPSIS

insegt [OPCIONES]

DESCRIPCIÓN

INSEGT es una herramienta para analizar alineaciones de lecturas de RNA-Seq (de un solo extremo o de pares)
mediante el uso de anotaciones genéticas.

La entrada a INSEGT es un archivo SAM que contiene las alineaciones y un archivo que contiene el
anotaciones del genoma de referencia, ya sea en formato GFF o GTF.

-h, --ayuda

Muestra este mensaje de ayuda.

--versión

Muestra información de la versión

Opciones::

-ro, --salida de lectura ARCHIVO

Nombre de archivo de salida para lectura-salida, que contiene las anotaciones asignadas seguidas de
su anotación principal. El tipo de archivo válido es: gff.

-ao, --anno-salida ARCHIVO

Nombre de archivo de salida para anno-output, que contiene las anotaciones similares al GFF
entrada y, además, los recuentos de las lecturas mapeadas y la expresión normalizada
niveles en RPKM. El tipo de archivo válido es: gff.

: para, --tuple-salida ARCHIVO

Nombre de archivo de salida para la salida de tupla, que contiene tuplas de exón conectadas por lecturas o
pares de mate. El tipo de archivo válido es: gff.

-fo, - salida de fusión STR

Nombre de archivo de salida para la salida de fusión, que contiene la tupla de exón de fusiones de genes
(Opción avanzada, actualmente no hay puerto de salida para KNIME). Uno de gff.

-n, --ntuple INT

ntuple Predeterminado: 2.

-o, - intervalo de compensación INT

Desplazamiento a intervalos de alineación cortos para la búsqueda. Predeterminado: 5.

-t, - brechas de umbral INT

Umbral para espacios permitidos en la alineación (no intrones). Predeterminado: 5.

-c, - recuento de umbral INT

Umbral para min. recuento de tuplas para la salida. Predeterminado: 1.

-r, --umbral-rpkm DOBLE

Umbral para min. RPKM de tupla para salida. Predeterminado: 0.0.

-m, --max-tupla

Cree solo maxTuple (que están abarcados por toda la lectura).

-e, --ntuple exacto

Crea solo una tupla de longitud exacta n. De forma predeterminada, todas las tuplas hasta la longitud dada
se calculan (si -m Está establecido, -e será ignorado).

-u, --orientación-desconocida

Se desconoce la orientación de las lecturas.

EJEMPLOS

insulto
ejemplo / alignments.sam ejemplo / annotations.gff

Ejecute INSEGT en archivos de ejemplo con parámetros predeterminados.

insulto -m ejemplo / alignments.sam ejemplo / annotations.gff

Ejecute INSEGT en archivos de ejemplo y solo calcule maxTuple.

insulto -c 2 ejemplo / alignments.sam ejemplo / annotations.gff

Ejecute INSEGT en archivos de ejemplo y solo genere una tupla con un min. cuenta de 2.

VERSIÓN

insegt versión: 1.0 Última actualización 2012-09-11

Utilice insegt en línea utilizando los servicios de onworks.net


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