Este es el comando insegt que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
insegt - intersección de datos de secuenciación de segunda generación con anotación
SINOPSIS
insegt [OPCIONES]
DESCRIPCIÓN
INSEGT es una herramienta para analizar alineaciones de lecturas de RNA-Seq (de un solo extremo o de pares)
mediante el uso de anotaciones genéticas.
La entrada a INSEGT es un archivo SAM que contiene las alineaciones y un archivo que contiene el
anotaciones del genoma de referencia, ya sea en formato GFF o GTF.
-h, --ayuda
Muestra este mensaje de ayuda.
--versión
Muestra información de la versión
Opciones::
-ro, --salida de lectura ARCHIVO
Nombre de archivo de salida para lectura-salida, que contiene las anotaciones asignadas seguidas de
su anotación principal. El tipo de archivo válido es: gff.
-ao, --anno-salida ARCHIVO
Nombre de archivo de salida para anno-output, que contiene las anotaciones similares al GFF
entrada y, además, los recuentos de las lecturas mapeadas y la expresión normalizada
niveles en RPKM. El tipo de archivo válido es: gff.
: para, --tuple-salida ARCHIVO
Nombre de archivo de salida para la salida de tupla, que contiene tuplas de exón conectadas por lecturas o
pares de mate. El tipo de archivo válido es: gff.
-fo, - salida de fusión STR
Nombre de archivo de salida para la salida de fusión, que contiene la tupla de exón de fusiones de genes
(Opción avanzada, actualmente no hay puerto de salida para KNIME). Uno de gff.
-n, --ntuple INT
ntuple Predeterminado: 2.
-o, - intervalo de compensación INT
Desplazamiento a intervalos de alineación cortos para la búsqueda. Predeterminado: 5.
-t, - brechas de umbral INT
Umbral para espacios permitidos en la alineación (no intrones). Predeterminado: 5.
-c, - recuento de umbral INT
Umbral para min. recuento de tuplas para la salida. Predeterminado: 1.
-r, --umbral-rpkm DOBLE
Umbral para min. RPKM de tupla para salida. Predeterminado: 0.0.
-m, --max-tupla
Cree solo maxTuple (que están abarcados por toda la lectura).
-e, --ntuple exacto
Crea solo una tupla de longitud exacta n. De forma predeterminada, todas las tuplas hasta la longitud dada
se calculan (si -m Está establecido, -e será ignorado).
-u, --orientación-desconocida
Se desconoce la orientación de las lecturas.
EJEMPLOS
insulto
ejemplo / alignments.sam ejemplo / annotations.gff
Ejecute INSEGT en archivos de ejemplo con parámetros predeterminados.
insulto -m ejemplo / alignments.sam ejemplo / annotations.gff
Ejecute INSEGT en archivos de ejemplo y solo calcule maxTuple.
insulto -c 2 ejemplo / alignments.sam ejemplo / annotations.gff
Ejecute INSEGT en archivos de ejemplo y solo genere una tupla con un min. cuenta de 2.
VERSIÓN
insegt versión: 1.0 Última actualización 2012-09-11
Utilice insegt en línea utilizando los servicios de onworks.net