Este es el comando ipig que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
ipig: integración de PSM en visualizaciones del navegador Genome
SINOPSIS
ipig <psm archivo> | -g | -c | -cg [ ]
DESCRIPCIÓN
iPiG apunta a la integración de coincidencias de espectro de péptidos (PSM) de espectrometría de masas
(MS) identificaciones de péptidos en visualizaciones genómicas proporcionadas por el navegador del genoma como
como el navegador del genoma UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG toma PSM del formato estándar de MS mzIdentML (* .mzid) o en formato de texto y
proporciona resultados en formatos de seguimiento del genoma (archivos BED y GFF3), que pueden
importado a los navegadores del genoma.
CAMPUS
<psm archivo>
indica que el archivo con el espectro de péptidos coincide (mzid / txt)
-g, -gui
inicia la interfaz gráfica de usuario de iPiG
-c, -controlar
inicia el control genético, los archivos necesarios deben indicarse en la configuración
presentar
-cg, -controlgui
inicia la interfaz gráfica de usuario del control genético
-d, -descargador
inicia la descarga gui
se puede indicar un archivo de configuración diferente (de lo contrario, ipig.conf es cargado por
defecto)
requerimientos adicionales:
usando un modo sin interfaz gráfica de usuario, un archivo de configuración (ipig.conf por defecto) debe contener varios
parámetros adicionales, por ejemplo, que indican el genoma de referencia, etc.
en un modo de interfaz gráfica de usuario-g y -cg), los parámetros adicionales se pueden indicar de dos formas, dentro de
la interfaz o con un archivo de configuración también.
eche un vistazo a readme.txt e ipig.conf para ver ejemplos y más detalles sobre el
parámetros adicionales
Use ipig en línea usando los servicios de onworks.net
