Este es el comando kmc_tools-intersect que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
kmc_tools-intersect: calcula la intersección de dos bases de datos de KMC
SINOPSIS
kmc_herramientas intersecarse <output
[output_params]>
DESCRIPCIÓN
La base de datos de salida contendrá solo k-mers que están presentes en ambos conjuntos de entrada. los
El valor del contador en la base de datos de salida es igual al valor del contador más bajo en la entrada.
CAMPUS
Para cada entrada hay parámetros adicionales:
-ci
excluir k-mers que ocurren menos de veces
-cx
excluir k-mers que ocurren más de veces
Para la salida hay parámetros adicionales:
-ci
excluir k-mers que ocurren menos de veces
-cx
excluir k-mers que ocurren más de veces
-cs
valor máximo de un contador
EJEMPLO
kmc -k28 archivo1.fastq kmers1 tmp
kmc -k28 archivo2.fastq kmers2 tmp
kmc_tools se cruzan kmers1 -ci10 -cx200 kmers2 -ci4 -cx100 kmers1_kmers2_intersect -ci20 -cx150
Use kmc_tools-intersect en línea usando los servicios de onworks.net
