Este es el comando kraken que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
kraken: asignación de etiquetas taxonómicas a secuencias cortas de ADN
SINOPSIS
kraken [opciones]
OPCIONES
--db NOMBRE
Nombre de Kraken DB (predeterminado: ninguno)
--hilos NUM
Número de subprocesos (predeterminado: 1)
--entrada rápida
La entrada es formato FASTA
- entrada rápida
La entrada es formato FASTQ
- comprimido en gzip
La entrada está comprimida en gzip
--bzip2 comprimido
La entrada está comprimida en bzip2
--rápido
Operación rápida (use el primer golpe o golpes)
--min-hits NUM
En operación rápida, se requiere el número de aciertos para la clasificación NOTA: esto se ignora si
--rápido no está especificado
- sin clasificar NOMBRE DEL ARCHIVO
Imprimir secuencias no clasificadas en el nombre de archivo
- clasificado fuera NOMBRE DEL ARCHIVO
Imprimir secuencias clasificadas en el nombre de archivo
--producción NOMBRE DEL ARCHIVO
Imprimir salida a nombre de archivo (predeterminado: stdout); "-" suprimirá la salida normal
--sólo salida-clasificada
No imprima salida Kraken para secuencias no clasificadas
--precarga
Carga la base de datos en la memoria antes de la clasificación
--pareado
Los dos nombres de archivo proporcionados son lecturas de extremo emparejado
--verificar-nombres
Asegúrese de que cada par de lecturas tenga nombres que coincidan entre sí; ignorado si
--pareado no está especificado
--ayuda Imprime este mensaje
--versión
Imprimir información de la versión
Si no se especifica ninguno de los indicadores * -input o * -compressed, y el archivo es un
archivo, se intenta la detección automática de formato.
Use kraken en línea usando los servicios de onworks.net
