Este es el locuspocus de comando que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
locuspocus: calcula las coordenadas del locus para la anotación genética dada
SINOPSIS
locuspocus [opciones] gff3archivo1 [gff3archivo2 gff3archivo3 ...]
DESCRIPCIÓN
Opciones basicas:
-d| --debug
imprimir mensajes de depuración detallados en el terminal (error estándar)
-h| --ayuda
imprime este mensaje de ayuda y sal
-v| --versión
imprimir el número de versión y salir
Análisis de iLocus:
-l| --delta: INT
al analizar loci de intervalo, utilice el siguiente delta para extender los loci de genes e incluir
posibles regiones reguladoras; el valor predeterminado es 500
-s| --skipends
al enumerar loci de intervalo, excluir no anotado (y presumiblemente incompleto)
iLoci en cualquier extremo de la secuencia
-e| --finalmente
reportar solo fragmentos incompletos de iLocus en los extremos no anotados de las secuencias
(complemento de --salta)
-y| --skipiiloci
no reportar iLoci intergénicos
Opciones de refinamiento:
-r| --refine
por defecto, los genes se agrupan en el mismo iLocus si tienen alguna superposición; 'refinar'
El modo permite un manejo más matizado de genes superpuestos.
-c| --cds
utilizar CDS en lugar de UTR para determinar la superposición de genes; implica el modo 'refinar'
-m| --minoverlap: INT
el número mínimo de nucleótidos dos genes deben superponerse para agruparse en el mismo
iLocus; el valor predeterminado es 1
Opciones de salida:
-n| --namefmt: STR
proporcionar una cadena de formato de estilo printf para anular el formato de ID predeterminado para los nuevos
loci creado; el valor predeterminado es 'locus% lu' (locus1, locus2, etc.) para loci e 'iLocus% lu'
(iLocus1, iLocus2, etc.) para loci de intervalo; tenga en cuenta que la cadena de formato debe incluir un
un solo especificador% lu que se completará con un valor entero largo sin signo
-i| --ilens: ARCHIVO
crear un archivo con las longitudes de cada iLocus intergénico
-g| --genemap: ARCHIVO
imprimir un mapeo de cada anotación de gen a su locus correspondiente a la dada
presentar
-o| --outfile: ARCHIVO
nombre del archivo en el que se escribirán los resultados; el predeterminado es terminal (estándar
salida)
-T| --retenidos
conservar las ID de funciones originales de los archivos de entrada; surgirán conflictos si la entrada
contiene valores de ID duplicados
-t| --transmap: ARCHIVO
imprimir un mapeo de cada anotación de transcripción a su lugar correspondiente a la
archivo dado
-V| --verbose
incluir todas las subfunciones del locus (genes, ARN, etc.) en la salida de GFF3; defecto
incluye solo características de locus
Opciones de entrada:
-f| --filtro: TIPO
lista separada por comas de tipos de características para usar en la construcción de loci / iLoci; por defecto es
'gene'
-p| --padre: CT: PT
si existe una característica de tipo $ CT sin un padre, cree un padre para esta característica
con tipo $ PT; por ejemplo, mRNA: gene creará una característica genética como padre para
cualquier característica de ARNm de nivel superior; esta opción se puede especificar varias veces
-u| --pseudo
corregir pseudogenes etiquetados erróneamente
Use locuspocus en línea usando los servicios de onworks.net
