Este es el comando macs2_bdgdiff que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
macs2_bdgdiff - Análisis basado en modelos para secuenciación de ChIP
DESCRIPCIÓN
uso: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C CORTE] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 PROFUNDIDAD2] [--outdir OUTDIR] (--o-prefijo PREFIJO OP | -o ACEITE ACEITE ACEITE)
opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
--t1 T1BDG
Cama apilada MACS Gráfico para la condición 1. Incompatible con callpeak --SPMR salida.
REQUERIDO
--t2 T2BDG
Cama apilada MACS Gráfico para la condición 2. Incompatible con callpeak --SPMR salida.
REQUERIDO
--c1 C1BDG
Cama lambda de control MACS Gráfico para la condición 1. Incompatible con callpeak --SPMR
producción. REQUERIDO
--c2 C2BDG
Cama lambda de control MACS Gráfico para la condición 2. Incompatible con callpeak --SPMR
producción. REQUERIDO
-C CORTAR, --cortar CORTAR
corte logLR. PREDETERMINADO: 3 (razón de verosimilitud = 1000)
-l MINLÉN, --min-len MINLÉN
Longitud mínima de la región diferencial. Pruebe con un valor mayor para eliminar regiones pequeñas.
PREDETERMINADO: 200
-g MAXGAP, - brecha máxima MAXGAP
Espacio máximo para fusionar regiones diferenciales cercanas. Considere una brecha más amplia para una amplia
marcas. El espacio máximo debe ser menor que la longitud mínima (-g). PREDETERMINADO: 100
--d1 PROFUNDIDAD1, --profundidad1 PROFUNDIDAD1
Profundidad de secuenciación (# de lecturas no redundantes en millones) para la condición 1. Será
usado junto con --d2. Ver descripción para --d2 a continuación para saber cómo asignarlos.
Predeterminado: 1
--d2 PROFUNDIDAD2, --profundidad2 PROFUNDIDAD2
Profundidad de secuenciación (# de lecturas no redundantes en millones) para la condición 2. Será
usado junto con --d1. DEPTH1 y DEPTH2 se utilizarán para calcular la escala
factor para cada muestra, para reducir la escala de la muestra más grande al nivel de una más pequeña.
Por ejemplo, al comparar 10 millones de condición 1 y 20 millones de condición 2, utilice
--d1 10 --d2 20, luego el valor de pileup en bedGraph para la condición 2 se dividirá por
2. Predeterminado: 1
--outdir EXTERIOR
Si se especifica, todos los archivos de salida se escribirán en ese directorio. Predeterminado: el
directorio de trabajo actual
--o-prefijo PREFIJO OP
Prefijo del archivo de salida. Los archivos reales se denominarán PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed y PREFIX_common.bed. Mutuamente excluyente con -o/ - ofile.
-o ACEITE ACEITE ACEITE, --archivo ACEITE ACEITE ACEITE
Nombres de archivos de salida. Debe proporcionar tres argumentos en orden: 1. archivo para regiones únicas en
condición 1; 2. Solicite regiones únicas en la condición 2; 3. archivo para regiones comunes
en ambas condiciones. Nota: mutuamente excluyente con --o-prefijo.
Utilice macs2_bdgdiff en línea utilizando los servicios de onworks.net
