Este es el comando macs2_filterdup que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
macs2_filterdup - Análisis basado en modelos para secuenciación de ChIP
DESCRIPCIÓN
uso: macs2 filterdup [-h] -i ARCHIVO [ARCHIVO...]
[-f {AUTO, BAM, SAM, BED, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE}]
[-g GSIZE] [-s TSIZE] [-p PVALUE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--verbose VERBOSE]
[--outdir OUTDIR] [-o ARCHIVO DE SALIDA] [-d]
opcional argumentos:
-h, --ayuda
mostrar este mensaje de ayuda y salir
-i ARCHIVO [ARCHIVO...], --archivo ARCHIVO [ARCHIVO...]
Archivo de alineación ChIP-seq. Si se dan varios archivos como '-t AB C', entonces
todos deben leerse y combinarse. Tenga en cuenta que se supone que los datos de pares no funcionan con esto
mando. REQUERIDO.
-f {AUTO, BAM, SAM, BED, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE}, --formato
{AUTO, BAM, SAM, BED, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE}
Formato de archivo de etiqueta, "AUTO", "BED" o "ELAND" o "ELANDMULTI" o "ELANDEXPORT" o
"SAM" o "BAM" o "BOWTIE". La opción AUTO predeterminada permitirá 'macs2 filterdup'
decidir qué formato es el archivo. Compruebe la definición en el archivo README si
elija ELAND / ELANDMULTI / ELANDEXPORT / SAM / BAM / BOWTIE. PREDETERMINADO: "AUTO"
-g TAMAÑOG, --tamaño TAMAÑOG
Tamaño efectivo del genoma. Puede ser 1.0e + 9 o 1000000000, o atajos: 'hs' para humano
(2.7e9), 'mm' para ratón (1.87e9), 'ce' para C. elegans (9e7) y 'dm' para mosca de la fruta
(1.2e8), PREDETERMINADO: hs
-s TAMAÑO, --Tamaño TAMAÑO
Tamaño de la etiqueta. Esto anulará el tamaño de la etiqueta detectada automáticamente. PREDETERMINADO: No establecido
-p PVALOR, --pvalor PVALOR
Punto de corte del valor p para la prueba de distribución binomial. PREDETERMINADO: 1e-5
--mantener-dup MANTENER DUPLICADOS
Controla el comportamiento 'macs2 filterdup' hacia etiquetas / pares duplicados en el
exactamente la misma ubicación -- la misma coordinación y el mismo hilo. La opción 'auto'
hace que 'macs2 filterdup' calcule las etiquetas máximas en la misma ubicación exacta
en la distribución binomal usando dado -p como punto de corte de pvalue; y la opción 'todos' mantiene
todas las etiquetas (útil si solo desea convertir formatos). Si se da un número entero, en
la mayoría de este número de etiquetas se mantendrá en la misma ubicación. Nota, callpeak MACS2
La función usa KEEPDUPLICATES = 1 por defecto. Tenga en cuenta que si ha utilizado samtools o picard
para marcar duplicados en el bit 1024, MACS2 los descartará sin importar cómo establezca
MANTENER DUPLICADOS. Predeterminado: auto
--verboso VERBOSO
Establezca un nivel detallado. 0: solo muestra un mensaje crítico, 1: muestra una advertencia adicional
mensaje, 2: muestra la información del proceso, 3: muestra los mensajes de depuración. Si tu quieres saber
donde están las lecturas duplicadas, use 3. PREDETERMINADO: 2
--outdir EXTERIOR
Si se especifica, todos los archivos de salida se escribirán en ese directorio. Predeterminado: el
directorio de trabajo actual
-o ARCHIVO DE SALIDA, --archivo ARCHIVO DE SALIDA
Nombre del archivo BED de salida. Si no se especifica, escribirá en la salida estándar. DEFECTO:
stdout
-d, - corrida en seco
Cuando se establece, filterdup solo generará números en lugar de escribir archivos de salida,
incluido el número máximo de duplicados permitidos, el número total de lecturas antes del filtrado,
número total de lecturas después del filtrado y tasa de redundancia. Predeterminado: no establecido
Utilice macs2_filterdup en línea utilizando los servicios de onworks.net
