Este es el comando masai_mapper que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
masai_mapper - Mapeador Masai
SINOPSIS
masai_mapper [OPCIONES]
DESCRIPCIÓN
Masai es un mapeador de lectura rápido y preciso basado en semillas aproximadas y múltiples
retroceso.
See http://www.seqan.de/projects/masai para obtener más información.
(c) Copyright 2011-2012 de Enrico Siragusa.
-h, --ayuda
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--versión
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Opciones de mapeo:
-mm, --modo de mapeo STR
Seleccione el modo de mapeo. Uno de todos, lo mejor y lo mejor. Predeterminado: cualquiera mejor.
-megabyte, - bloque de mapeo NUM
Número máximo de lecturas que se asignarán a la vez. En rango [10000..inf]. Defecto:
2147483647.
-e, --errores NUM
Número máximo de errores por lectura. En rango [0..32]. Predeterminado: 5.
-sl, - longitud de la semilla NUM
Longitud mínima de la semilla. En rango [10..100]. Predeterminado: 33.
-ng, - sin huecos
No alinee las lecturas con espacios.
Opciones de índice de genoma:
-x, --índice STR
Seleccione el tipo de índice de genoma. Uno de esa, sa, qgram y fm. Predeterminado: sa.
-xp, --índice-prefijo STR
Especifique un nombre de prefijo de índice de genoma. Predeterminado: use el prefijo del nombre de archivo del genoma.
Opciones de salida:
-o, --archivo de salida ARCHIVO
Especifique un archivo de salida. Predeterminado: use el prefijo de nombre de archivo de lecturas. Tipos de archivo válidos
son: raw y sam.
-Carolina del Norte, --no-cigarro
No envíe la cadena CIGAR. Esto solo afecta a la salida SAM.
Opciones de depuración:
-Nevada, --no-verificar
No verifique los impactos de semillas.
-Dakota del Norte, --sin volcado
No arroje resultados.
-Nuevo Méjico, --no-múltiple
Deshabilite el retroceso múltiple.
VERSIÓN
masai_mapper versión: 0.7.1 [14053] Última actualización 2013-05-16
Use masai_mapper en línea usando los servicios de onworks.net
