Este es el comando maskfeate que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
maskfeat: escribe una secuencia con características enmascaradas
SINOPSIS
mascara -secuencia Seqall [Tipo cadena] [-reducir palanca] -mascarilla cadena -outseq seguimiento
mascara -ayuda
DESCRIPCIÓN
mascara es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del grupo de comandos "Editar, tablas de características".
CAMPUS
Entrada .
-secuencia Seqall
Adicionales .
Tipo cadena
De forma predeterminada, cualquier característica en la tabla de características con un tipo que comience con 'repetición' está enmascarada.
Puede configurarlo para que sea cualquier tipo de función que desee enmascarar. Ver
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ para obtener una lista de los tipos de funciones EMBL y consulte
Apéndice A del manual de usuario de Swissprot en http://www.expasy.org/sprot/userman.html
para obtener una lista de los tipos de funciones de Swissprot. El tipo puede ser comodín usando '*'. Si
desea enmascarar más de un tipo, separe sus nombres con espacios o comas, por ejemplo:
* Repetir UTR * Valor predeterminado: repetir *
-reducir palanca
La región se puede 'enmascarar' convirtiendo los caracteres de secuencia a minúsculas, algunos
Los programas que no son de EMBOSS, por ejemplo, fasta, pueden interpretar esto como una región enmascarada. La secuencia es
sin cambios aparte del cambio de caso. Es posible que desee asegurarse de que toda la secuencia
está en mayúsculas antes de enmascarar las regiones especificadas a minúsculas mediante el uso de
bandera '-supper'. Valor predeterminado: N
-mascarilla cadena
Carácter para usar al enmascarar. El valor predeterminado es 'X' para secuencias de proteínas, 'N' para nucleico
secuencias. Si el carácter de máscara está configurado para ser el carácter ESPACIO o un carácter nulo,
entonces la secuencia se 'enmascara' cambiándola a minúsculas, al igual que con el
Bandera '-minúscula'. Valor predeterminado: @ ($ (acdprotein)? X: N)
Salida .
-outseq seguimiento
Use maskfeate en línea usando los servicios de onworks.net
