Este es el comando maskseqe que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
maskseq: escribe una secuencia con regiones enmascaradas
SINOPSIS
máscaraseq -secuencia secuencia -regiones distancia [-reducir palanca] -mascarilla cadena
-outseq seguimiento
máscaraseq -ayuda
DESCRIPCIÓN
máscaraseq es un programa de línea de comandos de EMBOSS (“European Molecular Biology Open
Paquete de programas"). Es parte del grupo de comandos "Editar".
CAMPUS
Entrada .
-secuencia secuencia
Requerido .
-regiones distancia
Regiones para enmascarar. Un conjunto de regiones se especifica mediante un conjunto de pares de posiciones. los
las posiciones son números enteros. Están separados por cualquier carácter no alfabético ni numérico.
Ejemplos de especificaciones regionales son: 24-45, 56-78 1:45, 67 = 99; 765..888
1,5,8,10,23,45,57,99
Adicionales .
-reducir palanca
La región se puede 'enmascarar' convirtiendo los caracteres de secuencia a minúsculas, algunos
Los programas que no son de EMBOSS, por ejemplo, fasta, pueden interpretar esto como una región enmascarada. La secuencia es
sin cambios aparte del cambio de caso. Es posible que desee asegurarse de que toda la secuencia
está en mayúsculas antes de enmascarar las regiones especificadas a minúsculas mediante el uso de
bandera '-supper'. Valor predeterminado: N
-mascarilla cadena
Carácter para usar al enmascarar. El valor predeterminado es 'X' para secuencias de proteínas, 'N' para nucleico
secuencias. Si el carácter de máscara está configurado para ser el carácter ESPACIO o un carácter nulo,
entonces la secuencia se 'enmascara' cambiándola a minúsculas, al igual que con el
Bandera '-minúscula'. Valor predeterminado: @ ($ (acdprotein)? X: N)
Salida .
-outseq seguimiento
Use maskseqe en línea usando los servicios de onworks.net
